הרב דוד יוסף מצטרף להאשמות שהטיחו יו"ר ש"ס אריה דרעי והרב הראשי יצחק יוסף בעולים להר הבית, כשאמרו כי יהודים שעולים להר "מתסיסים" את המחבלים ואשמים בהסלמת המצב הביטחוני.
הרב יוסף, מקורבו של דרעי וחבר מועצת חכמי התורה של ש"ס, פנה במכתב לראש הממשלה בנימין נתניהו בו הוא מבקש ממנו לסגור את ההר בפני יהודים אותם הוא מכנה "תמהונים וקיצוניים" שתפילותיהם תועבה, כלשונו.
במכתב החריף שפורסם באתר החרדי ''כיכר השבת'', כותב הרב דוד כי גדולי ישראל ובראשם אביו הרב עובדיה יוסף זצ"ל פסקו כי "הכניסה להר הבית בזמננו יש בה איסור 'כרת' מן התורה, לשם השוואה הנכנס להר הבית הרי הוא כמי שאוכל ביום כיפור".
"גדולי הדור האחרון, ובכללם הרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל, הרב הראשי לארץ ישראל, פרסמו את דעתם שאסור חמור הוא להיכנס להר הבית בזמן הזה", כותב הרב יוסף.
באשר ליהודים שעולים להר הבית כתב הרב דוד לנתניהו כי "כניסה להר הבית לצורך 'תפילה' כביכול, אסורה על פי ההלכה, והמתפלל שם תפילתו תועבה, ואין זה מברך את ה' אלא מנאץ, וגדול עוונו מנשוא".
"הנני פונה אליך בדרישה לסגור את הכניסה לכל שטח הר הבית בפני יהודים מבקרים, ואל תלך שולל אחר מיעוט קטן תמהוני וקיצוני, שבכל מיני טענות 'משיחיות' משתמשים בשם ההלכה לשווא, ויצרם הרע מחפש להם היתרים מדומים".
הוא דחה את הטענה לפיה סגירת ההר תחשב לוויתור על המקום. "כמובן שעלינו לומר באופן ברור שאין בסגירת שטח הר הבית משום הצהרה של ויתור על זכותנו במקום קדוש זה, ואדרבה איסור הכניסה אל שטח הר הבית היא מחמת עוצם קדושת המקום, שהיא עולה על כל קדושה".
"ברצוני להדגיש שבדעתי זו שותפים כל חברי מועצת חכמי התורה וחברי מועצת גדולי התורה, ומועצת הרבנות הראשית לישראל, ולפי דרישת מועצת הרבנות הראשית לישראל לאחר מלחמת ששת הימים נתלה שלט גדול מעל הכניסה להר הבית שאסור בהחלט להיכנס להר הבית".
"בוודאי שלאור המצב שנוצר, שהכניסה לשטח הר הבית גורמת לשנאת ישראל, עלינו להודיע בפני כל העולם על סגירת שטח הר הבית בפני מבקרים יהודים, וקל וחומר שעלינו לאסור 'תפילת' יהודים בשטח הר הבית, ואם תעשה כן שכרך יהיה כפול מאת ה' יתברך", כותב הרב דוד יוסף.