צה''ל בודק את התנהלות החיילים שהיו בתחנה המרכזית בבאר שבע בזמן הפיגוע שאירע שם שלשום (ראשון), ונמלטו מהמקום במקום לחתור למגע עם המחבל כפי שמצופה מחיילים.
בנוסף, המשטרה הצבאית תחקור אם חיילי צה"ל היו מעורבים בתקיפת המסתנן האריתריאי הפטום זרהום שנחשד בטעות כמחבל. אם אכן כך היה, בצה''ל רואים זאת בחומרה וצפויים להעמיד לדין משמעתי את אותם החיילים.
בפיגוע שבוצע על ידי המחבל מוהנד אלעוקבי, בן 21 מהיישוב הבדואי חורה, נרצח לוחם "גולני" עומרי לוי הי"ד (19) ממושב שדי חמד ונפצעו כמה בני אדם נוספים. אזרחים ואנשי כוחות הביטחון חשדו כי מסתנן אריתראי שהיה בתחנה הוא מחבל, ירו לעברו ולאחר מכן תקפו אותו. הוא מת בבית החולים.
"במסגרת הפקת הלקחים מהאירוע אנחנו בודקים שני נושאים", כתב דובר צה''ל תא"ל מוטי אלמוז בעמוד הפייסבוק שלו. "הראשון הוא אירוע הריגתו של הפטום זרהום ז"ל. המשטרה הצבאית החוקרת מצטרפת למשטרת ישראל בבדיקת האירוע ובמידה וימצאו חריגות נפתח בחקירה אל מול החשודים. אנו מצרים על מותו ומשתתפים בצער המשפחה.
"השני, התנהגות החיילים ששהו באזור הפיגוע, ההנחיה הקיימת לחיילים בכל מקום היא לחתור למגע ולהסיר את האיום גם כשהם נמצאים במקום אזרחי. זו הפקודה, זו רוח צה"ל – זה תפקידנו כמגני העם", הבהיר אלמוז.