את ההחלטה להטיל צנזורה על הקרנות הסרט קיבלה המועצה בשל "היותו סרט תעמולה חד צדדי, שקרי ומסולף, המבקש במסווה של אמינות דוקומנטרית, ליצור דה לגיטימציה לעצם קיומה של מדינת ישראל, וכי פגיעתו ברגשות הציבור קשה.

לעומת טענה זו טען בפני בג"ץ במאי הסרט מוחמד בכרי כי הסרט הוא דוקומנטרי על פי תפיסתו ועל כן אין להורות על מגבלות כלשהן באשר להקרנתו.

בהחלטתם קבעו שופטי בג"ץ, דליה דורנר, אילה פורקצ'יה ואשר גרוניס כי אין למועצה לביקורת סרטים ומחזות זכות לצנזר את הסרט וכעת יוכל להיות מוצג גם בבימות ציבוריות. השופטת דורנר קבעה כי "החלטת המועצה פוגעת מעבר לנדרש בחופש הביטוי. פסילת הסרט אינה תואמת את אמות המידה, השאובות מחוק יסוד כבוד האדם וחירותו".

בית המשפט קבע עוד כי "אין בכל שסרט כולל שקרים כדי להצדיק את פסילתו להקרנה. המועצה אינה מוסמכת להכריע מהי אמת ומהו שקר, אינה מצויידת בכלים הדרושים לכך ואין לה מונופולין על האמת."

עורך הדין אמיר טובוביץ' שייצג את בני משפחות הלוחמים בג'נין אומר לכתבנו שמעון כהן כי ייגש מייד להוצאת צו מניעה זמני על הקרנת הסרט, זאת עד לערעור על החלטת בית המשפט. טובוביץ' אמר עוד כי החלטת בית המשפט אינה מפתיעה אותו.

בני משפחות הלוחמים שנפלו בג'נין מביעים זעזוע על החלטת בית המשפט ומדגישים כי כל מגמתו של הסרט הייתה להעליל עלילת דם על חיילי צה"ל והמדינה כולה. בני המשפחה מזכירים כי חלק ממימונו של הסרט הגיע מהנהגת הרש"פ, עובדה אותה מכחיש בכרי עצמו. כמו כן את עובדת היותו של מפיק הסרט מחבל בגדודי חללי אל אקצה.

כתבנו בכנסת מדווח כי יו"ר ועדת חוץ ובטחון, ח"כ יובל שטייניץ מותח ביקורת חריפה על החלטת בג"צ בעניין הסרט ג'נין ג'נין. לדבריו "החלטת בג"צ מגנה על חופש ההסתה ובמדינות ערב כאחד." הוא מציין כי השופטים התעלמו ממאמצי ישראל וארה"ב לדרוש מהפלשתינאים, מהמצרים ומשאר המדינות באיזור להפסיק את ההסתה האנטי ישראלית והאנטישמית. כמו כן, התעלם בג"צ ממצבה המיוחד של מדינת ישראל הנלחמת על נפשה ומהצורך לתת מינימום של גיבוי ותמיכה ציבורית ללוחמים בג'נין ובמקומות אחרים. במקום זה מתאפשר לפגוע בלוחמינו, להסית נגדם ולהשפילם במקום להחזיר לאלו המחרפים נפשם למעננו רעה תחת טובה."

שר הרווחה זבולון אורלב הביע צער על החלטת הבג"צ ואמר כי הסרט "ג'נין ג'נין" הכולל שקרים והסתה כנגד מדינת ישראל, צה"ל, והעם היהודי, עלול לתת לגיטימציה לטרוריסטים ומתאבדים פלשתינים לרצוח יהודים.

השר אורלב אומר כי "פסיקת הבג"צ עלולה להראות כהכשר לתוכן הסרט ולאמיתות השקרים המוצגים בו. רק בודדים יקראו בעיון את החלטת הבג"צ במלואה. במלחמה מול הטרור אסור לאפשר חופש ביטוי לשקרים המוצגים ע"י האויב, זהו ניצול ציני של הדמוקרטיה הישראלית, הפוגעת במלחמתנו בטרור הנפשע. מראית העין של החלטת הבג"צ עלולה לעלות בדם אזרחי המדינה".

ד"ר דוד צנגן, שלחם בג'נין וגם נמנה עם המשיבים לעתירתו של מוחמד בכרי, אמר אתמול ביומן הצהריים של ערוץ 7 כי הסרט הוא סרט של שקר והסתה. סרט אשר השלכות שידורו הן הגושפנקה להקרין עלילת דם בתוך המדינה.

"חופש של בן אדם נעצר ברגע שהוא פוגע בבן אדם שני", אמר ד"ר צנגן. אתה יכול להגיד הכול, אבל ברגע שאתה משקר ומסית אתה גורם לזה שיהרגו ישראלים.

לדבריו, בכרי עצמו אמר שהוא מבין את האחיינים שלו שהורשעו בסיוע לרצח בפיגוע במירון כי לדבריו הם ראו את מה שהתחולל בג'נין, על פי הסרט שהוא עשה.

"מאוד מצער אותי", אמר ד"ר צנגן, "שבית המשפט של המדינה שלנו העדיף את האינטרס של איש שגדל בערוגה שממנה יצאו כאלה רוצחים, על פני החיילים שלחמו בצורה כל כך מוסרית וכל כך הרואית כדי להגן על כולנו".

לדברי צנגן, הוא לא הופתע מהפסיקה כיוון שההרכב של בית המשפט היה "נבחרת החלומות" של בכרי. לדבריו, זה היה הרכב שתומך מאוד בעניין של חופש הביטוי. יחד עם זאת הוא אמר כי היה לו קשה לראות כי השופטים, אשר נמצאים במדינתנו ורואים כי סרטים אלו הם הסתה, לא הבינו שכדאי למנוע דבר זה. (ש)