בספטמבר 06 פורסם דו"ח חמור של מבקר המדינה על תפקוד המועצה לבטחון לאומי.
היום התכנסה הועדה לביקורת המדינה לדיון בדו"ח. מתברר כי עד היום לא יושמו ההמלצות וכי המועצה לבטחון לאומי לא שותפה בהחלטות ליציאה למלחמת לבנון השניה.
יו"ר הליכוד וראש הממשלה לשעבר, ח"כ בנימין נתניהו, מי שהקים את המל"ל בשנת 1999 אמר בוועדה כי "עם כניסתי לתפקידי כראש הממשלה נדהמתי לגלות... כי ראש הממשלה נתון לחסדה של מערכת הביטחון, ראיתי בכך פגם יסודי, המל"ל לא הפכה לכלי שאותו חזיתי כשהקמתי אותו ב-1999. הגוף נשאר על הנייר ולא בא לביטוי של ממש". לדעתו של נתניהו על המל"ל להכין את ישיבות הקבינט המדיני-ביטחוני, ולהתכנס כל יום כשעל סדר יומה הסרת האיום האירני, "דו"ח המבקר הוא מסמך פוטנציאלי חשוב אך מימושו תלוי בתפיסת עולמו של הקברניט".
ראש המל"ל אילן מזרחי אמר כי המל"ל מאמץ את דו"ח המבקר ופועל ליישומו, בתשובה לשאלתו של יו"ר הוועדה, ח"כ זבולון אורלב לגבי שיתוף המל"ל בהחלטה לצאת למלחמת לבנון השניה השיב מזרחי כי תשובה על כך תינתן בוועדת וינוגרד, אליה הוזמן.
מבקר המדינה, השופט מיכה לינדנשטראוס, אמר כי יש לתת למל"ל את המעמד שהיא ראוייה לו כדי שתפקוד הממשלה יהיה תקין בעיקר נוכח הדברים המתרחשים לנגד עינינו והקשורים לביטחון מדינת ישראל.
יו"ר הוועדה, ח"כ זבולון אורלב, סיכם כי הדיווח על אי השלמת ביצוע ההמלצות מלמד שהממשלה יצאה למלחמת לבנון ללא התייעצות עם המל"ל, "הדו"ח מציג תמונה קודרת וקשה היורדת לשורש הביטחון הלאומי שלנו... גורם לדאגה ומדיר שינה מעיני, מתברר שהמלך עירום. כל התפקידים שהוטלו על המועצה אינם מתבצעים בגלל שראשי ממשלות לא אפשרו למועצה, שבראשה עמדו אנשים רציניים ביותר, למלא את תפקידה כראוי".
הביע אופטימיות, ח"כ זאב אלקין (קדימה), שאמר בתום הדיון "אני יוצא מהדיון מצד אחד עם תחושה טובה של שינויים אבל מצד שני עם שאלה חשובה - מה המנגנון שמבטיח לנו כי הליקויים בדוח לא יישנו? אסור לנו להסתפק בכתיבת דוחות ודיונים עליהם. שאלה נוספת היא לאן נעלמה ועדת חוץ וביטחון במשך 7 שנים, מאז הקמת המועצה? למה היינו צריכים לחכות שבע שנים לבדיקת נושא חשוב זה?".