המשבר בין חמאס לפתח שהחמיר בעקבות הפיצוצים בסוף השבוע בעזה אותם ייחס חמאס לפתח מאיים לגלוש למעשי אלימות גם באיו"ש.
בהודעה שפרסמה (29 ביולי 2008) מזהיר תנועת חמאס באיו"ש, כי היא אין בכוונתה לעקוב אחר הפגיעה של מנגנוני הביטחון של הרשות הפלשתינית בפעילי חמאס מבלי להגיב על הפרות אלה. חמאס מתייחס בהודעתו למעצר של פעילי חמאס ע"י הרשות הפלשתינית בתגובה לגל מעצרים נרחב שביצעו מנגנוני הביטחון של ממשלת חמאס ברצועת עזה בימים האחרונים.
בפנייה לממשלת הרשות הפלשתינית ברמאללה ולמנגנוני הביטחון כותב חמאס, כי "עליכם לדעת שמה שאתם מבצעים מנוגד לחוק, וכי בכל פעם שאתם דופקים על דלת של אזרח פלשתיני אתם מפרים את החוק, את (צו) המוסר ואת (עיקרון) הלאומיות ואתם תצטרכו לתת את הדין על כך". ולכך נלוותה נימה מאיימת לפעולות נקם של חמאס נגד אנשי הביטחון של הרשות הפלשתינית. על אנשי המנגנונים לדעת, כתב חמאס, ש"הם מבצעים טעות גדולה כאשר הם מבצעים את הפקודות האלה והשתייכותם למנגנונים... אינה מפחיתה כהוא זה מחומרת מעשיהם". חמאס "מזכיר" להם, כי התמיכה הישראלית היא כבבחינת משענת קנה רצוץ וביום שהיא תוסר המוני הפלשתינים יפרצו לבסיסים הפלשתיניים כפי שנעשה ברצועת עזה.
ובתוך כך, המאמצים לאחות את הקרעים במחנה הפלשתיני נראים כבלתי אפשריים. על אף זאת, מנסה הרשות להגיע להידברות עם חמאס במסגרת של חידוש הדיאלוג הלאומי שיכלול את כל הארגונים הפלשתיניים. כמאל אל-שראפי, יועצו אבו מאזן, ציין בהקשר זה כי סירובו של חמאס להסכים לדיאלוג הלאומי יהיה בגדר "טעות פוליטית ואסטרטגית גדולה". יש לציין, כי חמאס ופתח מצויים על מסלול התנגשות פוליטית בחודשים הקרובים, על רקע דרישתה החד משמעית של חמאס מאבו מאזן להעביר את סמכויותיו ליו"ר הפרלמנט הפלשתיני (איש חמאס) לאחר סיום כהונתו של אבן מאזן כ"נשיא פלשתין" ב- 9 בינואר 2008. המשבר החוקתי ההולך ומתהווה עשוי לחזק את הניתוק הקיים בין איו"ש ורצועת עזה ולהביא את חמאס להגביר את ניסיונות החתרנות המדינית נגד הרשות הפלשתינית.