רבבות תלמידי הישיבות ואברכי הכוללים שבו ללימודים עם פתיחת 'זמן אלול' שהוא תחילת שנת הלימודים בישיבות.
בני הישיבות שבו מחופשת 'בין הזמנים' שארכה כשלושה שבועות מאחרי צום תשעה באב ועד ראש חודש אלול. 'זמן אלול' יימשך עד ליום הכיפורים, אז יצאו בני הישיבות לחופשת חג הסוכות, ולאחר מכן בראש חודש חשוון ישובו ללימודי 'זמן חורף' שנמשך עד חג הפסח, שהוא זמן הלימודים הארוך ביותר בישיבות.
סדר הלימוד בישיבות מורכב משלושה סדרים בהם לומדים התלמידים במשך היום. סדר בוקר שמתקיים מהשעה 9:00 עד 1:00 לאחר מכן מתפללים התלמידים מנחה. סדר צהרים שמתקיים מהשעה 15:30 עד השעה 19:30 וסדר ערב שנמשך אחרי תפילת ערבית עד השעות המאוחרות של הערב. רוב הלימוד מתקיים בחברותא, ובסופי הסדרים נערכים שיעורים על ידי הר"מים. תכני הלימוד מתרכזים בעיקר בתלמוד בבלי ומפרשיו אך גם בכל חלקי התורה, בתנ"ך במשנה, שולחן ערוך, משנה ברורה, ילקוט יוסף מחשבת ישראל ספרי אמונה וחסידות ועוד.
בכוללים מתרכז הלימוד בעיקר בלימודי הלכה לנושאי הרבנות על פי טור ושולחן ערוך ומפרשיהם ועד לפוסקי זמננו. הנושאים הנלמדים לרוב הם: הלכות שבת, הלכות איסור והיתר, הלכות נידה, הלכות חופה וקידושין, הלכות שמחות, והלכות מקוואות. כן יש הלומדים לנושאי הדיינות בהם מקיפים את חלקי שולחן ערוך באבן העזר וחושן משפט, ויש הלומדים ל'רבנות עיר' הכוללת נושאים הלכתיים נוספים, כהלכות תפילה וברכות, הלכות החגים, הלכות גרות ומילה, הלכות מצוות התלויות בארץ ועוד. רק לאחרונה השתתפו במבחני הרבנות שהתקיימו בחודש מנחם אב האחרון, כ-1500 איש. הרבנים הראשיים שביקרו בשעת המבחן שהתקיים בבנייני האומה בירושלים בירכו את הנבחנים וציינו את הברכה שבריבוי לימוד התורה בעם ישראל.