ח"כ יריב לוין (הליכוד) תקף בחריפות את החלטת שר הביטחון להוציא את ישיבת הר ברכה מישיבות ההסדר "ברק עושה פוליטיקה על חשבון המתגייסים. תרומתם של בני ישיבות ההסדר בכלל ושל תלמידי הר ברכה בפרט הינה חשובה מאין כמוה. אני קורא לשר הביטחון לשקול שנית את החלטתו העלולה לגרום נזק בלתי הפיך".
ח"כ ציפי חוטבלי (הליכוד) אמרה הערב כי "החלטת שר הבטחון יוצרת קרע בין ישיבות ההסדר למדינה ומגבילה את חרות המחשבה של רבני הציונות הדתית. מצער שבמקום להיאבק בהשתמטות, בוחר ברק להיאבק בציבור המסור ביותר לשירות בצבא".
יו"ר הבית היהודי השר פרופ' דניאל הרשקוביץ אמר כי "חוסר ההידברות בין שר הביטחון אהוד ברק וראש ישיבת הר ברכה הרב מלמד עלול להמיט אסון". הרשקוביץ ציין כי ינסה לשוחח עם השר ברק וינסה לשנות את ההחלטה.
ח"כ ד"ר מיכאל בן ארי (האיחוד הלאומי) התייחס להחלטת ברק ואמר כי, "ברק בדרכו הכוחנית פוגע בבטחון מדינת ישראל, ביטול ההסדר עם גיבורי ישיבת הר ברכה היא פעולה דורסנית לניפוח האגו של פוליטיקאי בתום דרכו". לדבריו מי שיפגע מההחלטה הם צה"ל ומדינת ישראל.
ח"כ פרופ' אריה אלדד (האיחוד הלאומי) אמר בתגובה להחלטה כי ברק לא בוחל בפגיעה ישירה בצה"ל לצרכים פוליטיים, "שר הביטחון ברק לא היה מעלה על דעתו להזמין לשימוע את נשיא אוניברסיטת ת"א או נשיא מכללת ספיר משום שאחד המרצים הטיף לסרבנות. אבל יו"ר מפלגת העבודה ברק לא מהסס כלל כשהוא מזמין רב לשימוע ומחליט להוציא את הישיבה מההסדר כאשר הרב מסרב לשחק בתפקיד הטירון המטורטר. מה שמהווה חופש אקדמי לגיטימי באוניברסיטה חייב להיות מותר גם בישיבות ובמכינות קדם צבאיות ויש לקוות כי ועד ראשי ישיבות ההסדר יודיע לברק כי אם הר ברכה לא בהסדר, אין הסדר", הסביר אלדד.
יו"ר האיחוד הלאומי ח"כ יעקב כץ (כצל'ה) אמר כי "תחת שלטון נתניהו ושר בטחונו נגזרות גזרות איומות על קודשי ישראל: הקפאת העם והארץ וכעת גם נסיון כיבוי מאור התורה. מאז אנטיוכוס והורדוס לא נגזרו גזרות שכאלו על העם היהודי. כמו בחנוכה אז שיהודים מתיוונים מחקו את זהותם היהודית כן גם ממשלת נתניהו היום מתאמרקנת ומבקשת לאמץ את תרבות הגויים. חרפה היא לנו וגדול חילול השם על כך שבממשלתו תומכים אנשי תורה. הציונות החילונית באה לקיצה ועתידים לקום לעם הזה מנהיגים אמיצים שינהיגו את העם הזה בעוצמה ובגבורה".
ראש המועצה האזורית שומרון גרשון מסיקה, שישיבת הר ברכה נמצאת בתחום שיפוטו תקף את החלטת שר הביטחון ואמר כי החלטת ברק היא החלטה צבועה".
לדברי מסיקה, "בעוד ברק מתחנף למילייה החברתי של אוניברסיטאות שהמרצים בהן מסיתים כנגד קיומה של מדינת ישראל והשירות בצה"ל ומוציאים את המדינה בכל מקום העולם, הוא דווקא מתאנה ורודף מוסד חינוכי מהשורה הראשונה, שהוציא מתוכו כבר מאות קצינים קרביים מהטובים שיש. הרב אליעזר מלמד הינו אחד מגדולי אנשי החינוך ומהרבנים המשפיעים ביותר בדורנו, אני בטוח שעוד הרבה אחרי שהציבור ישכח את השם 'אהוד ברק' הרב מלמד ימדיך לחנך מאות ואלפי תלמידים".
מנכ"ל הפורום המשפטי למען א"י, נחי אייל, אמר הערב כי "הפגיעה בישיבת הר ברכה היא מעשה אנטי דמוקרטי של שר שמצפצף על החוק כשזה נוגע לעצמו ומחמיר כשמדובר ביריבים פוליטיים. זהו שימוש לרעה בסמכות. ואסור לשר לעשות שימוש בסמכותו כדי לכפות עמדות פוליטיות על רבנים. זהו צעד שיביא למחלוקת בעם ויפגע בצה"ל".
ההנהגה הצעירה באיחוד הלאומי מגנה את החלטת שר הביטחון, "ברק מנצל את כוחו לצבירת הון פוליטי על חשבון הציונות הדתית, ומוביל לסכסוכים ופילוגים בתוך המערכת הצבאית. ברק פועל בצורה לא לגיטימית ומפעיל משטרת מחשבות כנגד ראשי ישיבות ההסדר. אנחנו קוראים לו להוציא את צה"ל מכל פעילות פוליטית", אמרו צעירי האיחוד הלאומי.
ההנהגה הצעירה קוראת לצעירים ולשמיניסטים רבים שמתלבטים בין הישיבות, ללכת ללמוד בישיבת הר ברכה ולחזק על ידי כך את הישיבה ואת העומד בראשה.
ועדי המתיישבים בבנימין והשומרון הגיבו להחלטת ברק ואמרו כי "החלטתו השחצנית של ברק לסגור את הר ברכה יוצרת קרע מיותר בעם ותפגע אך ורק בצבא". לדבריהם, "ברק באטימותו האופיינית מאיץ את הנתק בין צה"ל למתיישבים היהודים המוציאים מקרבם את מיטב הלוחמים. אנו קוראים לכל ישיבות ההסדר לעמוד מאחורי הרב מלמד ולהוקיע את התנהגות ברק".