תבוטל האפליה בין תלמידות ספרדיות לאשכנזיות, כך קראה ועדת החינוך, התרבות והספורט בכנסת בדיון מיוחד שנערך בעקבות טענות לאפליה עדתית בעמנואל.
את רשת החינוך העצמאי יצג עו"ד מנחם ינובסקי שטען כי בבית יעקב לא נעשית כל אפליה, "מדובר בשתי מגמות שונות – חסידית וכללית ומכאן מקור הטענות. אך טבעי זה שבמגמה החסידית יש רוב אשכנזי ואילו בכללי נוצר רוב ספרדי. אין מדובר באפליה עדתית. טרם החלטת הבג"ץ הודענו בפירוש כי תלמידה שתחפוץ לעבור ממגמה למגמה תוכל לעשות זאת ללא בעיה. השבתת הלימודים על ידי ההורים נבעה מהכוונה לבטל את המגמות, שיש מקום לקיומן".
יואב ללום, יו"ר עמותת "נוער כהלכה" הנאבקת באפליה במוסדות החינוך החרדיים דחה את הטענות ואמר כי "בית המשפט העליון קבע, באופן חד משמעי, כי יש אפליה. את המגמות מניע רצון לחלק את התלמידות לשתי קבוצות שונות על רקע העדה ממנה הן באות. בניגוד לנטען, ידוע לנו על תלמידות שבקשו לעבור ממגמה ולמגמה אך נתקלו בסירוב".
מנכ"ל משרד החינוך, הד"ר שמשון שושני אמר כי המשרד מבצע את פסק הדין ככתבו וכלשונו, "פנינו לראש הרשות המקומית והודענו לו שהוא חייב לפעול לפי החוק, הודענו זאת גם לחינוך העצמאי המפעיל את בית הספר. אני מקווה שהשלום יחזור לסמינר בית יעקב בעמנואל".
בדיון נטלו חלק חברי הכנסת מנחם אליעזר מוזס, אורי מקלב, ניצן הורוביץ ודניאל בן סימון.
יו"ר הועדה ח"כ זבולון אורלב סיכם את הדיון ואמר כי "קבלתי בכאב רב את הידיעות כי חרף המאמצים נותרה אפליה בבית הספר החרדי סמינר בית יעקב בעמנואל, אפליה שלא מתאימה לרוח היהדות. לפי הבג"ץ כל תלמיד רשאי ללמוד בכל כיתה שבה יחפוץ ויש לקיים החלטה זו. כיוון שהבג"ץ עומד לקיים בקרוב דיון נוסף בסוגיה, הועדה סבורה שאין רשות אחת נוגעת ברעותה והיא נמנעת מהתערבות שכזו. הועדה מבקשת ממנכ"ל משרד החינוך להמשיך ולעקוב אחר ישום פסק הבג"ץ במלואו".