השר משה בוגי יעלון שהיה ממלא מקום ראש הממשלה בזמן ההשתלטות על המשט בעזה כלל לא ידע על הפעולה הצפויה. ראש הממשלה היה באותה העת בקנדה וקיבל את ההחלטות באירוע, כך דווח הערב בערוץ 2.
בתגובה לפרסום נמסר משלכת רה"מ, "בניגוד לפרסומים בכמה מכלי התקשורת, המשנה לרה"מ יעלון עודכן באופן שוטף ע"י המזכירות הצבאית במשרד רה"מ לפני ההשתלטות על הספינה, במהלכה ולאחריה".
יעלון התייחס השבוע (יום ג') בכנסת למבצע ההשתלטות על האונייה "מרמרה" בשבוע שעבר. "ההחלטה שלא לאפשר למשט להגיע לעזה, הייתה נכונה והיא החלטה של הגנה עצמית. המפקדים והלוחמים ראויים לכל שבח ולהערכה רבה על אומץ ליבם, הם לחמו היטב. במקום שבו צריך לתת צל"שים, צריך גם לבדוק את נוהל הקרב".
הערב דווח כי שופט בית המשפט העליון בדימוס, יעקב טירקל, צפוי לעמוד בראש הוועדה לחקירת אירועי המשט. ע"פ הדיווח הוועדה תבדוק בין השאר, גם האם היו התראות ואזהרות בפני נוסעי המשט, וכן האם קיימת חוקיות והכרח לשימוש בכוח שנעשה נגד הפעילים. אם כן - האם הכוח בו נעשה שימוש, שגרם כאמור למותם של תשעה מסתננים - היה מידתי.