דבקות האדם ואמונתו בבורא עולם היא השלמות האנושית. בספרו עין אי"ה [ברכות פ"א אות כג] מסביר הראי"ה שישנם שני דרכים להשיג את השלמות האנושית: האחד, היא דרך המחקר וההתפלספות, עד שיכיר את האמת בהגיון שכלי ובמופתים חותכים. והשנייה, דרך התמימות הנובעת מישרות הלב והנטייה הישרה שממנה באה האמונה השלימה.
רבי יהודה הלוי בספרו 'הכוזרי' [מ"ב סוף אות כו] לאחר שנתן הסבר שכלי לעבודת המקדש, הוא מסיים ואומר שהוא אינו מחליט שההסבר שלו הוא ההסבר האמתי והנכון לעבודת המקדש, להיפך, הנכון הוא שהיא נעלמת ונעלה ממה שהסברתי. אלא צריך לומר על התורה ש"היא תורת האלוקים, ומי שקבלה בתמימות, בלי התפלפלות ובלי התחכמות, הוא מעולה מן המתחכם והחוקר".
ועם זאת יש לדעתו בדיעבד מקום גם לחוקר, כי מי שנטה מן המדרגה העליונה של האמונה התמימה ופנה אל המחקר, לאדם זה מוטב כי יבקש טעם שכלי לדברים האלה אשר יסודם בחכמה האלוקית, וזה עדיף מאשר יעזבם לסברות רעות וספקות המביאות את האדם לאבדון. לפי ריה"ל האמונה התמימה היא העדיפה ויש לאחוז בה לכתחילה, אך יש מקום גם למחקר השכלי האנושב.
שיטה הפוכה מזו של ריה"ל יש לרבינו בחיי בספרו 'חובות הלבבות' [הקדמה], לדעתו האמונה התמימה היא בדיעבד, למי שאין בו יכולת לעיין מפני קוצר הכרתו וחלישות הבנתו, או ב"מצוות השמעיות" שאין האדם יכול להגיע להבין טעמן מדרך השכל, במקרים אלו ההזדקקות לאמונה התמימה היא במקומה.
אבל אם אתה איש דעת ותבונה, שתוכל לעמוד ולהבין בשכלך מה שקבלת מהחכמים בשם הנביאים, מיסודות הדת ופרטי המצוות, אתה מצווה להשתמש בתבונתך ודעתך עד שהם יתבררו לך מדרך הקבלה (המסורת) והשכל יחד, ואם תתעלם מההבנה השכלית תהיה כמקצר במה שאתה חייב לבוראך.
במחלוקת זו שבין ריה"ל וחוה"ל מצדד הרב קוק כדעתו של ריה"ל, וב'עין אי"ה' [שם] כתב: "ובצדק שיבח בכוזרי את דרך התמימות יותר מדרך המחקר על פי דרכי החכמה".
ובמקום אחר הסביר מדוע אין האדם יכול לסמוך על כוח שכלו בלבד: שכמו שיש גבול לחושי האדם השולטים על מרחב מוגבל, כך יש גבול גם לשלטון השכל והשגתו, אשר מעבר לו גם אם יתאמץ האדם בכל כוחו לא יוכל עבור אותו.
ולמרות זאת סובר הראי"ה שלא רק שיש לנו רשות אלא הדבר חובה עלינו, להשתדל בחקירת וצריפת הדעות העליונות במצרף השכל העיוני. וההשתדלות הזו יש לה תועלת כפולה: האחת, שנדע להשיב למחרפנו, בבחינת 'דע מה שתשיב'.
השנייה, שתורת ה' ומצוותיה לא תהיה אצלנו כמצות אנשים מלומדה, אלא שהתורה תהיה שלימה בלבנו במחשבה, ובאיברינו במעשה.
הרמב"ם [בסוף הל' תמורה] כתב: "אעפ"י שכל חוקי התורה גזירות הם, ראוי להתבונן בהן וכל מה שאתה יכול לתן לו טעם תן לו טעם".
והנה למרות שיטתו של הרמב"ם שיש לתן טעמים למצוות, אף הוא מכיר במגבלותיו של שכל האדם, כמו שכתב בסוף הל' מעילה: "ראוי לאדם להתבונן במשפטי התורה הקדושה ולידע סוף עניינם כפי כוחו, ודבר שלא ימצא לו טעם ולא ידע לו עילה אל יהא קל בעיניו, ולא יהרוס לעלות אל ה' פן יפרוץ בו, ולא תהא מחשבתו בו כבמחשבתו בשאר דברי חול".
בסיכום אפשר לומר שמוסכם לפי כל השיטות שיש מקום גם לאמונה וגם למחקר, והוויכוח ביניהם הוא מי מהם הוא לכתחילה ורצוי, ומי מהם הוא בדיעבד כצורך והכרח.