מבקר המדינה, השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, בחן את סוגיית האחריות הצה"לית על קרקעות מדינה וגילה שורת ליקויים ארוכה בתחום.
בראשית דבריו בפרק זה של הדו"ח הוא מציין את חשיבות הקרקעות לאוכלוסיה הישראלית ההולכת והופכת צפופה יותר ויותר: "קרקעות המדינה הן משאב לאומי, החיוני לפיתוחה ולבנייתה, אשר המחסור בו הולך ומחריף. ככל שמתפתחת המדינה וככל שגדלה אוכלוסייתה, גדלים הביקושים לקרקע בכל הארץ, ובייחוד באזורים מרכזיים וצפופי אוכלוסין, לצרכים שונים כגון מסחר, תעשייה ומגורים. בנסיבות אלו מחריף הקונפליקט המובנה בין צורכי המגזר האזרחי ובין הצרכים של צה"ל, המחזיק בכ-39% מכלל קרקעות מדינת ישראל ומטיל מגבלות שימוש על כ-40% נוספים".
המבקר מציין כי "התשתית החוקית הקיימת מעניקה לצה"ל הקלות משמעותיות, הבאות לידי ביטוי בחוק התכנון והבנייה, בכל הנוגע להקמת מתקנים ביטחוניים ולהטלת מגבלות על שימושים אזרחיים בקרקע; ואף מאפשרת לו לסגור שטחים ולהחזיק בהם, בעיקר לצורכי אימון כוחותיו, בהתאם לתקנות ההגנה לשעת חירום".
עם זאת מציין המבקר כי שטחים רבים אינם מנוצלים על ידי צה"ל, אך איש אינו דואג להחזירם לידי מנהל מקרקעי ישראל. כמו כן קובע לינדנשטראוס כי ניהולן של רבות מהקרקעות מבוצע באופן בלתי יעיל על ידי הצבא.
"במצב הנוכחי הכרחי כי צה"ל יוודא שהוא מנהל ביעילות את הקרקעות שבהן הוא מחזיק, שהוא מנצל אותן באופן מיטבי, ושהיקפן אינו עולה על המתחייב מצרכיו המבצעיים. תפקיד הגורמים האזרחיים, ובראשם מנהל מקרקעי ישראל ומשרד הביטחון, הוא לקיים פיקוח ובקרה מובנים, כדי להבטיח שהקצאת הקרקעות במישור הלאומי היא מיטבית ושאין פגיעה בלתי מידתית באינטרס הציבורי".
על אף החשיבות של אופן ניהול הקרקעות שבידי צה"ל ושל הבקרה על השימוש בהן, עלה בביקורת כי במשך שנים פעילותם של כל הגורמים הנוגעים בדבר - צה"ל, משרד הביטחון ומנהל מקרקעי ישראל - בנושאים אלה הייתה לקויה. יתר על כן, "בחלק מהמקרים פעילותם הייתה כושלת, לעתים תוך פגיעה מהותית בכללי מינהל תקין. בראייה כוללת נוצר מחדל מתמשך שתוצאותיו העיקריות הן בזבוז של משאבי הקרקע, בזבוז כספי ציבור ופגיעה באינטרס הציבורי".
המבקר קובע כי מנהל מקרקעי ישראל אינו מקיים בקרה נאותה על הקרקעות שהקצה לשימוש צה"ל, ומערכת הביטחון אינה פועלת כיאות לעדכנו לגבי שינויים שנעשו בשטחים אלה. כדי שיהיה אפשר לטפל במצב זה.
לדבריו על מנהל מקרקעי ישראל "לוודא שמחוזותיו מקיימים פיקוח ובקרה על הקרקעות שבידי צה"ל, ולפעול ללא דיחוי להקמת מסד נתונים ומערכת ממוחשבת לניהול הקרקעות שבידי צה"ל; על מערכת הביטחון להשלים בהקדם את מיפוי הגבולות של מחנות צה"ל ולפעול ללא דיחוי לעדכון הגבולות".
עוד מציין המבקר כי מחנות צבא נטושים ופרוצים רבים פרוסים בכל רחבי הארץ ויש בהם סכנה בטיחותית ומפגע סביבתי ותברואתי חמור, עקב היעדר טיפול של צה"ל. "בלי לגרוע מאחריותו של צה"ל לנושא, על מערכת הביטחון, מנהל מקרקעי ישראל ומשרד האוצר לפעול בהקדם לגיבוש תכנית משותפת לטיהורם ולהשבת הקרקע שעליה הוקמו לרשות מנהל מקרקעי ישראל. עם זאת, כל עוד שטחי המחנות לא הועברו מצה"ל למינהל, מוטלת על צה"ל האחריות להם, ועל כן עליו לנקוט את כל הצעדים כדי להבטיח ששטחים אלה לא ימשיכו להיות בגדר סכנה בטיחותית לציבור. כמו כן, נוכח המספר הגדול של המחנות שננטשו ונזנחו בלא שאג"ת אישר זאת כנדרש, עליו לנקוט צעדים שיבטיחו שהתופעה תמוגר".
באשר לשטחי האש הצה"ליים קובע המבקר כי "צה"ל מחזיק בכ-33% משטח המדינה (לא כולל איו"ש) כשטחי אש, ללא בקרה מספקת על יעילות ניצולם. על צה"ל לפעול לחיזוק הבקרה על ניצול שטחי האש, תוך גיבוש מדיניות בכל הנוגע לניהולם, לרבות בנוגע לאישור בקשות של גורמים אזרחיים לשימוש משני בקרקע. כמו כן עליו להנהיג כלים שיבטיחו את ניצולם המיטבי. אשר לתופעת הפלישות לשטחי האש, על הנזק הכספי הכרוך בה ועל השפעותיה על יכולתו של צה"ל לאמן את כוחותיו, נוסף על הטיפול המערכתי הבין-משרדי שנדרש למיגור התופעה, ראוי שצה"ל יפעל לתיעוד ממדי הפלישות ולניתוח מגמות התפתחותן והשפעותיהן בטווח הארוך, כדי לשפר את יכולת ההתמודדות עם פלישות אלו. נוסף על כך, על צה"ל לעדכן את תכנית האב לשטחי אש, שהכין עוד בשנת 1999 ולא עדכן מאז, אשר נועדה להבטיח כי היקף השטחים בעתיד יספיק לצרכיו בכל הנוגע לאימון כוחותיו".
ממשרד הביטחון נמסר בתגובה, כי מערכת הביטחון סבורה כי יש מקום להגביר את הפיקוח האזרחי של המשרד על שימושי צה"ל במקרקעין תוך הגדרת ממשקי העבודה והנהלים בין המשרד וצה"ל ובין המשרד והמינהל. במסגרת השינוי קבעו מנגנוני בקרה ופיקוח במסגרתם יערכו הבקרות והפיקוח ע"י חטיבת נכסים.