יונתן לוין הוא אחיו של דניאל לוין הי"ד שנהרג ב-11 בספטמבר בזמן שהיה על טיסה מספר 11 של אמריקן איירליינס מבוסטון ללוס אנג'לס והתרסקה לתוך הבניין הצפוני של מרכז הסחר העולמי.
בשיחה עם ערוץ 7 הוא מספר על האח שאיננו, "דני היה אדם מיוחד עם המון כוחות חיים גיבור בחיוו ובמותו. בצבא שירת בסיירת מטכ"ל ולאחר הטכניון הוא היה אחד ממקימי חברת אקמאי באינטרנט חודשיים לפני מותו הטראגי נבחר לוין כאחד ממאת האנשים החשובים ביותר בתעשיית המדע הלאומית".
יונתן מספר על המאבק של דני במטוס עם המחבלים, "ידענו שדני נלחם עם המחבלים זה בבסיס אישיות לקום והילחם במחבלים וקיבלנו אישור לכך מ-FBI מדיילות שהתקשרו מהמטוס וסיפרו שהוא נרצח עוד במטוס אחרי שנאבק במחבלים".
יונתן מוסיף ואומר: "מאוד סימלי שישראלי היה הגיבור והרוג הראשון ואני מקווה שישראל תראה לעולם איך להילחם בטרור ולפעול מתוך נחישות ואמונה לפעול נגד הטרור".
דניאל לוין הי"ד השאיר אחריו אשה ושני בנים.