היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין החליט לסגור את תיקי החקירה נגד נגד חברת הכנסת חנין זועבי (בל"ד), השייח' רא'אד סלאח, מנהיג הפלג הצפוני של התנועה האיסלאמית, ושאר האזרחים הישראלים שהשתתפו במשט.
ממשרדו נמסר כי "לאחר בחינת מכלול הראיות הקיימות בתיק והסוגיות המשפטיות הנוגעות לענין, החליט היועץ המשפטי לממשלה על סגירת התיק וזאת בשל קשיים ראייתיים ומשפטיים משמעותיים שהתגלו, הנוגעים הן להוכחת יסודות העבירה והן לשאלות משפטיות של תחולת דיני העונשין של ישראל על עבירות חוץ".
כזכור בעקבות ההשתלטות על המשט לעזה נפתחה בהוראת היועץ המשפטי לממשלה חקירת משטרה, שהתמקדה בביצוע עבירות אלימות מצד פעילי שמאל קיצוני כלפי חיילי צה"ל שהשתלטו על הספינות. חקירת המשטרה נגד האזרחים הזרים שהשתתפו במשט הופסקה בשלב מוקדם, בעקבות החלטת היועץ המשפטי לממשלה – שהתקבלה בהמלצת הקבינט – לאפשר את גירושם של האזרחים הזרים מן הארץ, סמוך לאחר המשט וזאת נוכח שיקולים מדיניים וביטחוניים שעלו אז בפני הקבינט.
במקביל נפתחה חקירה נגד פעילי שמאל קיצוני שנחשדו בהשתתפות במשט בחשד לביצוע עבירה של ניסיון לכניסה לשטח עזה שלא כדין.
ממצאי חקירת המשטרה בעניין זה הועברו לפרקליטות, ולאחר בחינת הדברים ועריכתן של מספר השלמות חקירה, גובשה חוות דעת הפרקליטות בנושא, אשר הועברה לעיונו של היועץ המשפטי לממשלה. בהמשך לכך, קיים היועץ המשפטי לממשלה מספר ישיבות בנושא, עם כלל הגורמים הרלבנטיים. כאמור בתום סדרת פגישות ודיונים החליט ויינשטין לסגור את התיק נגדם.
במשרד המשפטים מדגישים כי "החלטה זו נוגעת רק לאזרחי ישראל שהשתתפו במשט במאי 2010, ואין בה כדי לקבוע מסמרות לעניין חקירות שייפתחו בשל אירועים דומים, ככל שאלה יקרו".