התסבוכת שיצרה פרשת נתן אשל והעובדת ר' תיפתר באמצעות עסקת טיעון, במסגרתה יודה אשל בפגיעה במשמעת בשירות המדינה והתנהגות שאינה הולמת עובד מדינה.
ממשרד המשפטים נמסר, כי על פי כתב התובענה שהוגש בהסכמת הצדדים לבית הדין, ושאשל יודה בו, מואשם אשל בכך שפיתח וקיים קשר של קירבה יתרה מצדו כלפי ר', בדרך שאינה ראויה ואינה מקובלת בין ממונה לכפיפה בשירות המדינה.
על פי כתב התובענה, אשל נכנס למחשבה של ר' ללא רשותה, מסר מידע אישי ופרטי הנוגע לר' לגורמים שונים בלשכת ראש הממשלה מבלי שהיתה כל סיבה מקצועית או עניינית למסירתו של מידע זה לאותם גורמים, וצילם אותה באורח לא מקובל בארועים שונים.
על פי ההסכמות שהושגו, אשל יעזוב את שירות המדינה עד ה-1 במרץ, יודה בכתב האישום וינזף נזיפה חמורה.
במשרד המשפטים מוסיפים, כי "הסדר הטיעון שנחתם מבטא קבלת אחריות ע"י מר אשל למעשיו ומוביל לתוצאה ראויה: סיום עבודתו של מר אשל בשירות המדינה. כמו כן, מאפשר הסדר הטיעון סיום מהיר ויעיל של ההליך תוך כיבוד רצונה של ר' שלא להיות מעורבת בהליך משפטי. הרחקתו של מר אשל משירות המדינה וענישתו מהוות מסר ערכי כלפי כל עובדי המדינה, בכירים ככל שיהיו, שלפיו אין לעבור לסדר היום על תופעות מעין אלה שנחשפו בחקירה. בהתאם לרוח זו, עמד היועץ המשפטי לממשלה על כך שהעניין יובא בפני בית הדין למשמעת, ויסתיים בהודאה והרשעה ובעונש של נזיפה חמורה, שיצטרף להתפטרותו של מר אשל ולהתחיבותו שלא לחזור לעבודה בשירות המדינה".
במשרד המשפטים מדגישים, כי "אשר למי שמסרו את המידע הראשוני לידי היועמ"ש, מבקש היועץ המשפטי לממשלה לשוב ולהדגיש כי במצב שבו עובד בכיר ועתיר עוצמה מטריד בדרך כלשהי עובדת הכפופה לו החוששת להתלונן, ומידע על כך מגיע לעובדי מדינה – בין אם בכירים בין אם זוטרים – הרי שטוהר המידות וניקיון השורות בשירות המדינה מחייב עובדים אלה להעביר את המידע שהגיע לידיעתם, לידי הרשויות המוסמכות. לפיכך, מוסרי המידע הראשוני ליועץ פעלו כמצופה מהם בנסיבות העניין, וכפי שמתחייב מתפקידם".