כתבי אישום הוגשו לבית המשפט הצבאי בשומרון נגד המחבלים אשר ביצעו את הפיגוע במתחם קבר יוסף.
על פי כתב האישום, המחבלים שביצעו את הפיגוע, אנשי מנגנון הביטחון המסכל הפלסטיני, היו במתחם קבר יוסף בשעת לילה כשהם חמושים.
במהלך שהותם במקום הגיעה קבוצת ישראלים, עליה נמנה בן יוסף לבנת הי"ד, ואלו נכנסו לתוך מתחם הקבר. בתגובה לכניסתם, ביצעו המחבלים ירי לאוויר בהוראת מפקדם.
בעקבות הירי הישראלים החלו לצאת מן המתחם, אולם אז ביצע מפקד הסיור בעצמו ירי לעבר אחד מכלי הרכב, וגרם לפציעתם של כמה אזרחים ישראלים.
בסמוך, ביצע מחבל פלסטיני נוסף, ירי מטווח קרוב לעבר כלי רכב אחר, אשר כתוצאה ממנו נפגע בצווארו בן יוסף לבנת ז"ל ומת כתוצאה מהפגיעה.
לאחרונה, נעצרו חלק מהמעורבים בפרשה, עוד מחבל נוסף ששהה במקום, לו מיוחס ביצוע ירי לאוויר, וכן נהג הכוח הפלסטיני אשר בנוגע אליו נטען שסייע למעורבים לשבש מהלכי משפט.
מפקד הכוח הפלסטיני טרם נעצר על יד כוחות הביטחון.
נגד הנאשמים הוגשו כתבי אישום המייחסים להם גרם מוות בכוונה (רצח), ירי לעבר אדם ושיבוש הליכי משפט, כל אחד על פי המעשים המיוחסים לו.