המשרד לאיכות הסביבה מפלה את עמותת "ירוק עכשיו" בשל העובדה כי היא "פועלת בעיקר כנגד מפגעים של פלסטינים".
בעמותה נדהמו לגלות כי הוחלט להימנע משילובה בחוק מפגעים סביבתיים, עקב האשמתם כגוף מוטה ימינה. עוד הואשמה העמותה כי היא ממעטת לטפל במפגעים הסביבתיים שנגרמים על ידי יהודים ומתמקדת בפעילות הפלסטינים.
הכל החל כשב"ירוק עכשיו" ביקשו להרחיב את תחום הפעילות שלהם גם לפן המשפטי ולהיות חלק מהארגונים שיכולים להגיש תביעות נגד גופים המזהמים את הסביבה. זאת מכוח החוק למניעת מפגעים סביבתיים, המאפשר לגופים ירוקים להגיש תביעות בשם הציבור נגד גורמים המזהמים את הסביבה.
במכתב ששלחה לעמותה היועצת המשפטית של המשרד לאיכות הסביבה דלית דרור, נאמר כי על פי הקריטריונים שנקבעו אסור כי פעילות העמותה תגלה הטיה כלפי קבוצה מסויימת.
"ממידע המצוי במשרדנו ניתן ללמוד כי עיקר פניותיה של העמותה נוגעת למפגעים סביבתיים הנגרמים מפעילות התושבים הפלסטינים באיו"ש, ובאי טיפולן של הרשויות באותם מפגעים הנגרמים על ידי ההתיישבות הישראלית, בעוד חלקם היחסי של המפגעים ממקור זה גבוה בהרבה”.
עוד הוסיפה היועצת, "יש לציין כי עמותה או גוף המבקשים להיות חברים ברשימה זו צריכים לעמוד במספר קריטריונים, ובין היתר גם להוכיח כי פעילותם אינה מגלה הטיה נגד קבוצה מסויימת בהיבטים הסביבתיים שבהם הם עוסקים מחמת הבדל דת, גזע, מין, לאום והשקפה פוליטית".
בעמותה דחו את הדברים ובמכתב תגובה שנשלח למשרד לאיכות הסביבה טען עו"ד תומר ישראל, בא כוחה של העמותתה כי "הדרישה להוכיח 'שאין לך אחות' הינה דרישה בעייתית. לא ברור כיצד בדיוק עמותה הפועלת למען ולטובת איכות הסביבה למען כלל האנושות והדורות הבאים עשויה לגלות הטיה כנגד קבוצה מסויימת".
"מרבית העמותות נועדו ופועלות לקידום עניין סביבתי מסויים ואינן פועלות כולן בכלל נושאי הסביבה בכלל הארץ. האוכלוסיה הפלסטינית והישראלית גרות באזור משותף והגבולות שהוטלו ביניהן אינם רלוונטיים לעניין הסביבה. אין גבולות מדיניים לעשן, אין גדרות לציפורים ואין מעצור לביוב הזורם בנחלים", כתב עו"ד ישראל.
כדי להמחיש את טענותיה צירפה העמותה רשימה של הפעולות שביצעה בשנים האחרונות שכללו בין היתר התנגדות להקמת מטמנת פסולת בנחל אוג, בג"ץ כנגד שפכי צה"ל שהוזרמו אל ואדי ולא טופלו, עתירה בעד הסדרה של תחנות דלק באיו"ש, פעילות נגד שפכי הקדרון שמטופלים ע"י חברת השפכים של עיריית ירושלים, ואף פרוייקט ה'תו הירוק' - מיחזור עלוני שבת בבתי הכנסת.
הניסיון להכלל בחוק החל כבר בתקופת כהונתו של השר ארדן, כאשר אז הבקשה נבחנה לעומק וכמעט אושרה אך נעצרה בשל הקדמת הבחירות.