דבריו ביומן ערוץ 7 של הרב ד"ר הרשקוביץ בשבחו של ד"ר ישראל קסטנר והגדרתו כגדול מצילי היהודים במלחמת העולם השנייה, עוררו פולמוס לא מבוטל ותגובות רבות הגיעו למערכת ערוץ 7 סביב הפרשה המסעירה ההיא.
אחד המגיבים הנסערים ביותר לדברים הוא ההיסטוריון אריה יצחקי שפרס את עמדתו בסוגיה ביומן הערוץ היום. לטעמו מאמרו ודבריו של הרב הרשקוביץ הם חלק מתהליך המתקיים בשנים האחרונות. "מזה תקופה ארוכה מתנהל הפסטיבל לטיהור הבוגד קסטנר והפיכתו לגיבור".
"הכותרת שלי היא שקסטנר אינו גדול המצילים בשואה אלא גדול המשת"פים עם הנאצים, ארכי קאפו, ואפשר לצטט אותי. אני לא חוקר שואה אבל כהיסטוריון של תולדות עם ישראל עסקתי בשאלה מי רצח את קסטנר - בעוד שנה 60 שנה לרצח אני מקווה להוציא לאור את הספר שיעלו בו דברים מזעזעים שיגרמו לאי נוחות לכמה אנשים".
"עברתי ברחבי הארץ כמרצה ומדריך. גיליתי שיש מי שמנסה לשכתב את ההיסטוריה, כמו נכדתו של קסטנר, חברת הכנסת מירב מיכאלי, וקרובי משפחה אחרים ואנשים שהיו ברכבת המפורסמת שיצאה ביולי 44'. אני לא יודע למה הניצולים ברכבת מרגישים אשמים על כך שתמורת הרכבת שלהם לשווייץ שלח קסטנר 150 רכבות לאושוויץ. הם רצו לשרוד וטוב שהם ניצלו", אומר יצחקי הסבור כי מאחורי הגיבוי שמעניקים הניצולים לקסטנר מצוי רגש אשמה.
"הפסטיבל הזה התחיל לפני כמה שנים במחזה של מוטי לרנר 'קסטנר' שהוצג בתיאטרון ירושלים. ניצול שואה, יוסף קליינמן, הגיע להפגין מול ההצגה בבגדי האסיר שלו מאושוויץ ובידו שלט גדול – '150 רכבות לאושוויץ ורכבת אחת לשווייץ'. נמשך דרך ניסיונות לקריאת רחובות במספר ערים, ניסיונות שכשלו. השיא היה במה שקרה ביולי 2007, טקס מתוקשר ב'יד ושם' של אנשי הרכבת וצאצאיהם שמסרו את ארכיון קסטנר ל'יד ושם' וקיבלו גיבוי של חוקרי שואה בכירים".
יצחקי מאשים: "הסיפור אינו מקרי. יש דבר חמור שקורה – מוסד 'יד ושם' מועל בתפקידו. חוק הזיכרון לשואה ולגבורה התשי"ג קובע שתפקידו של מוסד 'יד ושם' הוא לחקור, לכנס ולפרסם את כל העדויות על השואה. לצערי חלק גדול מהעדויות לא נמצא ב'יד ושם' למרות שנמסרו על ידי גורמים שונים, חלק 'יד ושם' לא קיבל וחלק העלים אותם. 'יד ושם' לא מפרסם גם מאמרים שלא עוברים את הוועדה המקצועית של המוסד".
ממשיך יצחקי ומספר על מה שהוא מגדיר כמסע לטיהור שמו של קסטנר: "נתקלתי בתופעה הזו בכמה מקרים: ב-2004 הרציתי על שאלת 'מי רצח את קסטנר' בקתדרה של עיריית רחובות. אמרתי דברים קשים על קסטנר ומעלליו ועל שיתוף הפעולה שלו עם אייכמן, בכר ושאר קציני ה-SS. בסוף ההרצאה אנשים קמו לשאול שאלות. אחד מהם ביקש להעיר הערות למרצה כי יש כמה אי דיוקים. אחד האי דיוקים לטעמו היה שקסטנר לא הלך במדי SS עם בכר לבקר במחנות הריכוז. קסטנר לא היה לבוש מעולם במדי SS, אלא בחליפת הפלנל שלו והציל במסע שלו עם בכר 2000 אסירים במחנה. הקהל היה נרגש ואז אמרתי שאני מבקש שהאדון יגיד מי הוא. הוא אמר ששמו יוסף קצין. אמרתי לו 'מה היה שם משפחתך הקודם'. אחרי דקה של היסוס הוא אמר 'קסטנר'. אמרתי לו 'למה לא סיפרת לקהל שאתה בן אחיו של קסטנר הידוע?'. הכרתי את האיש".
מוסיף יצחקי ומציג סיפור נוסף: "הוזמנתי באוגוסט 2009 לקיבוץ מעברות לסימפוזיון בנושא משפט קסטנר. הצגתי את הדברים בצורה קשה. תקפתי את מוטי לרנר על המחזה שלו. הוא שאל למה אני אומר שהוא נגוע ושיש לו בעיה אישית בנושא של קסטנר. ביקשתי ממנו שיספר לנו מי הסבתא שלו, והוא אמר שהיא לא הייתה מהרכבת כי הם ותיקים בזכרון יעקב. אמרתי שיספר מי הסגיר את שרה אהרונסון. האיש היה המום לחלוטין ואמרתי לקהל שהוא נכדה של האישה שהסגירה. קסטנר שיתף פעולה עם הנאצים וסבתו של לרנר שיתפה פעולה עם התורכים".
"קסטנר עשה דברים חמורים ביותר וכל הניסיונות הללו לא יצלחו", קובע יצחקי באופן נחרץ ומעיר כי פוליטיזציה מעורבת עמוק באופן העלאת זכרם של אירועי השואה. אחת הדוגמאות להטייה הפוליטית, הוא אומר, נמצאת באנציקלופדית השואה שהוציא 'יד ושם', שם חסרה דמותו של משה קראוס "שהציל פי כמה וכמה יותר יהודים מקסטנר, אם בכלל קסטנר הציל. זה היה פוליטי לגמרי, כי קראוס איש הפועל המזרחי וקסטנר איש מפא"י ותנועת העבודה. יש כאן המון פוליטיקה", הוא אומר.
יצחקי דוחה את ההסבר שנתן הרב הרשקוביץ ולפיו בשנות החמישים לא ניתן היה לחשוף פרטים על האופן בו נאלצו בכירים במשטר הנאצים לסייע לעם היהודי, ובשל כך הוכרז קסטנר כמי שמכר את נשמתו לשטן. בדבריו הוא מביע תמיהה גדולה על כך ש"הרבה שנים לא פרסמו את הפרוטוקול של משפט קסטנר, גם לא בארכיון יד ושם, ובעיקר לא פסיקת השופט בנימין הלוי שקבע נחרצות שקסטנר מכר את נשמתו לשטן. ומעבר לזה, ארבע שנים אחרי שנרצח קסטנר נלכד הארכי רוצח אדולף אייכמן והועמד לדין בישראל. התברר לממשלת ישראל שעורך הדין שמואל תמיר רוצה לחקור את אייכמן כי הוא רוצה לפתוח מחדש את המשפט (משפט קסטנר) בעקבות לכידת העד.
בפרוטוקול הממשלה שר המשפטים רוזן מספר על כוונתו של תמיר להתראות עם אייכמן "כדי לשמוע ממנו עניינים החשובים לו" לקראת חידוש המשפט. "אנשי חירות רוצים שאייכמן יהיה עד נגד קסטנר", אמר רוזן. בעקבות הדברים התובע, גדעון האוזנר, פונה לממשלה בבקשה מוזרה ואומר 'אני מבקש את הממשלה להרשות לי לא להכניס את פרשת קסטנר תמיר למשפט. אני לא רוצה להגן על הסוכנות היהודית במערכת הטענות שלנו נגד הנאצים'", אומר יצחקי הרואה בפרוטוקול זה עדות להמשך הניסיונות השלטוניים לטייח ולגונן על קסטנר. "זה קורה בשנת 61'. יש כאן מערכת משומנת ומטייחת שמנסה לשנות את ההיסטוריה ולא ניתן לה לעשות זאת. אנחנו לא שוכחים ולא סולחים".
על קסטנר והאמירה לפיה תרם קסטנר לשחרור מחנות כברגן בלזן ואחרים, אומר יצחקי כי "תרומתו לשחרור מחנות ההשמדה הייתה שולית ואפסית. זה הכול דברים לא נכונים ומוטים לחלוטין".
"טוב שהדבר נפתח לדיון ציבורי. יש לי פצצת זמן מדהימה בספר שאני עומד לפרסם. כשהשב"כ עבר ריענון מסוים בשנות השישים הם דאגו להעלים ולבער ארכיונים, אבל מי שביצע את הביעור הזה לא היה שלם עם הדברים ודאג לשמור בצד מסמכים ויש בידינו את מה שאנשי השב"כ ניסו לבער. כשהדברים יתפרסמו תראה את המעורבות הממשלתית, תראה מדוע רצו להסיר אותו מהמסילה כדי שלא יפליל את בכירי השלטון".