עם כניסתו של ברגותי לאולם בית המשפט קיבלו את פניו בני המשפחות השכולות שזעקו לעברו:"רוצח". ברגותי קרא לעבר העיתונאים: "האינתיפאדה תנצח את הכיבוש". בין המפגינים מגוש שלום לבין בני המשפחות השכולות שרר מתח רב. הם התווכחו בצעקות רמות שמילאו את חלל בית המשפט הטיחו זה כינויי גנאי קשים ולעיתים פרצו ביניהם גם תגרות ידיים.

הדיון התקיים לבקשת הפרקליטות שביקשה להאריך את מעצרו של ברגותי עד תום ההליכים המשפטיים נגדו. ברגותי מואשם בתכנון והוצאה לפועל של פיגועים רבים בהם נרצחו עשרות ישראלים ומאות נפצעו.

עו"ד לייבוביץ, אשר בחר לייצג את ברגותי, אמר שמשה רבנו, כמו מרשו, נלחם בשלטון מדכא ואכזרי ואף פירט את המקרה בו הרג משה איש מצרי, שהיכה איש עברי. על כך העיר השופט צבי גורפינקל, כי משה הרג רק את המצרי שהיכה ולא את אשתו וילדיו ואת חבריו של אותו מצרי.

במשך דקות ארוכות סיפר לייבוביץ את סיפור יציאת מצרים, כשמדי פעם הוא מנסה להשוות את המצב אז להיום ולעשות אנלוגיה לעם הפלשתיני ולברגותי. בין היתר אמר לייבוביץ, כי גם משה רבנו נרדף ע"י המצרים ולא נשפט במצרים, כי לא היתה למצרים סמכות לשפוט אותו בתור כובש. על כך הגיב השופט, כי משה רבנו לא בא לבית משפט וטען טענות, אלא פשוט ברח.

כשטען לייבוביץ, שבסופו של דבר, נתנו המצרים לבני ישראל חרות, הזכירו לו באולם, שהמצרים רדפו אחרי בני ישראל גם במדבר.

בסופו של דבר איבד השופט את סבלנותו והעיר בציניות: "מה זה שעת סיפור? אני עדיין לא מבין את הקשר בין משה רבנו לסמכות בית המשפט בישראל לשפוט את ברגותי ולא שמעתי שום טיעונים משפטיים".

עוד אמר השופט, כי למעט התועלת שברגותי ואחרים, שלא קראו את ספר שמות, יכירו אותו, הרי שאין כאן כל טיעון משפטי לעניינו של דבר.

עו"ד לייבוביץ לא התייאש והמשיך, כאשר הוציא ספר שכתב סבו, פרופ' ישעיהו לייבוביץ, וציטט ממנו מובאות על זכותו של עם להתנגד לכיבוש. השופט עצר את שטף דבריו של לייבוביץ ואמר לו, כי עם כל הכבוד לסבו, שהיה איש רוח מוערך מאד עד לתקופה שלפני האחרונה, עדיין אין מדובר בסמכות משפטית, שאפשר להסתמך עליה והוסיף, כי "סבך גם כינה את חיילי צה"ל יודו-נאצים".

דבריו של לייבוביץ עוררו מדי פעם פרצי צחוק בקהל באולם. השופט, שהבעת פניו הזחוחה והמחוייכת של ברגותי לא נעלמה מעיניו, אמר ללייבוביץ: "העיקר שהלקוח שלך מרוצה מהטיעונים שלך".

עורך דינו השני של ברגותי, ג'וואד בולוס, טען בבית המשפט כי כתב האישום נגד ברגותי הוא כתב אישום פוליטי: "מרואן הוא אזרח פלסטיני, שקרא להיאבק נגד הכיבוש. זו קריאה לגיטימית, שמוכרת על ידי כל אומות העולם. הבאתו של ברגותי לישראל מהווה הגליה, והדבר אסור באיסור מוחלט".

בולוס אמר עוד כי מתוקף תפקידו של ברגותי יש לו חסינות דיפלומטית של אנשי ממשל, ולכן מדינת ישראל איננה רשאית לשפוט אותו.

המהומה נמשכה גם לאחר תום המשפט .נציגי המשפחות השכולות תקפו את עורך הדין שמאי ליבוביץ'. הם קראו לעברו כי הוא מגן על רוצח: "איך הוא מעיז להשוות בין משה רבנו לברגותי כשהוא חובש כיפה?".

ברגותי ביקש מהשופט לשאת דברים. הדבר הותר לו בתנאי שימנע מהצהרות פוליטיות אך משלא עמד בתנאי ,הוצא מהאולם.