מתחזקת ההערכה של חלק מההיסטוריונים בגרמניה הטוענת כי לאחר השואה סוכנויות הביון הגרמניות העסיקו נאצים והסתירו אותם באמצעות היטמעות בסוכנות הביון הפדראלי.
דו"ח מיוחד שהתפרסם בימים האחרונים קבע כי בתו של הבכיר הנאצי היינריך הימלר עבדה בסוכנות הביון בשנות ה־60. שירותי הביון אישרו את הדו"ח ומסרו כי גודרון בורוויץ, בתו של הימלר עבדה בסוכנות במשך כמה שנים, עד 1963 תחת שם בדוי.
אולם לדברי בודו הכלהאמר, ראש מחלקת ההיסטוריה של סוכנות הביון הגרמנית, מועד עזיבתה קשור לשינוי שהתחולל בסוכנות ביחס לעובדים שהיו קשורים לנאצים, ומאז עזבו או פוטרו מרבית בני המשפחות של בכירי הנאצים.
הכלהאמר הוסיף כי מלבד אישור המידע הספציפי, מאחר שבתו של הימלר אינה בחיים עוד, הסוכנות אינה יכולה לחרוג מהמדיניות שלה שבמסגרתה היא אינה מגיבה על עובדים בעבר או בהווה. הדו"ח הוא חלק מתהליך בחינה ביקורתית שעורכת הסוכנות כלפי עברה.
מי שעמד בראש הסוכנות באותה תקופה הוא ריינהרד גהלן, קצין מודיעין לשעבר בגרמניה הנאצית. גהלן היה גנרל בוורמאכט שבמלחמת העולם השניה היה האחראי על המודיעין בחזית הרוסית.
לאחר המלחמה, בתקופת המלחמה הקרה, גויס על ידי המודיעין האמריקאי להפעלת רשת ריגול נגד ברית המועצות ולאחר מכן היה הראשון שעמד בראש ה-BND, שירות הביון הפדרלי הגרמני.