בכמה תחקירים שפורסמו לאחרונה בעיתונות המצרית, נחשפה חדירתם של גורמים בתנועת 'האחים המוסלמים' למערכת החינוך המצרית, והשפעתם הישירה על תוכניות הלימוד. בעל טור מצרי קופטי, סאמח פוזי, מחה נגד תכניות לימוד אלה וטען כי הן מעוותות את התודעה ההיסטורית של התלמידים, תוך מחיקת מקומם של המצרים הנוצרים, (הקופטים) ועידוד חוסר סבלנות דתית.
לפי התחקירים העיתונאיים, כפי שהובאו באתר ממר"י, מוצג המסגד בספר הלימוד כזירת הכנה למלחמה. סאמר פוזי כתב במאמר בשבועון משרד התרבות המצרי 'אל-קאהרה', כי "ספרי הלימוד מחנכים את התלמיד לראות בדת את מולדתו, כאשר למצרים עצמה אין ערך וכל ערכה נובע מהשתייכותה הדתית ל'דאר אל-אסלאם' (זאת אומרת לשליטת האסלאם). הוא נותן כדוגמא שיר בשם 'ארצי' המופיע בספר 'החינוך הדתי האסלאמי' לכיתה ה', המטיף לתלמידים לכרוך יחדיו את הדת עם המולדת, כאילו שמצרים אינה מקום של פלורליזם דתי ותרבותי.
בשיעור אחר המופיע בספר הלימוד, מונה מחבר הספר את הסיבות לחשיבות המסגד. המעיין בסיבות לדברי פוזי נוכח לדעת כיצד הפך המסגד בספר הלימוד ממקום פולחן - שכבודו במקומו מונח - לזירת גיוס והכנה למלחמה. בהתאם לספר הלימוד הדתי האסלאמי לכיתה ג', המסגד הוא: 'בית ספר בו לומדים המוסלמים על ענייני הדת והעולם שלהם... זהו המקום בו עתידים להתאסף חייליו של אללה לפני ביצוע כל פעולה חשובה...'
ספר הלימוד מעקר את הסכסוך הערבי-ישראלי מכל ההיבטים האסטרטגיים, הפוליטיים, הכלכליים והתרבותיים שלו, והופך אותו לסכסוך דתי בין מוסלמים ליהודים...הוא הופך את ניצחון אוקטובר 1973 לניצחון שהשיגו המוסלמים [ולא המצרים בכללותם] על היהודים. היכן מקומם של השותפים הקופטים במולדת? מדוע אנו מעניקים לכל דבר צביון דתי? למציאות ולמוסדות, ואפילו את ההיסטוריה אנו מפרשים מחדש מפרספקטיבה דתית. האם לא היה זה ניצחון לאומי שכל מצרי מתפאר בו?...
הכותב תוהה מתכחש הספר לנוכחות הנוצרית-ערבית בסכסוך עם ישראל? האם רוצה הוא לומר לנוצרים שזו אינה עוד מולדתם, שהיסטוריה זו אינה עוד ההיסטוריה שלהם ושעתיד זה אינו שייך להם? אם כך הדבר, התוצאה הטבעית תהא הגירה מאסיבית של נוצרים ערבים למדינות המערב, כאשר בחלוף הזמן האזור הערבי יהיה נקי מרבגוניותו הדתית, הסובלנות הדתית תיעלם והעדות המוסלמיות השונות ייגררו להילחם זו בזו. האם דחיית האחר אינה אלא הקדמה טבעית לדחיית העצמי ולפילוג?"