מוסא אבו מרזוק, סגנו של ח'אלד משעל בהנהגת חמאס, אמר בראיון לתחנת הטלוויזיה "אל-ערביה" (21 באוקטובר 2009), כי חמאס יקים ועדה לחקור את הטענות של ועדת גולדסטון בדבר ירי באסירי פתח במהלך המלחמה האחרונה. הוא ציין, כי ועדת גולדסטון שחקרה את מבצע "עופרת יצוקה" לא הזכירה את חמאס בהקשר לביצוע פשעי מלחמה בעצם שיגור הטילים לעבר ישראל, ולדבריו על  "כל הארגונים הפלסטינים שיגור רקטות כולל פתח".



דבריו של אבו מרזוק עולים בקנה אחד עם עמדתה של הנהגת חמאס כלפי דו"ח גולדסטון. מנהיג חמאס, חאלד משעל, קרא לקהילה הבינלאומית להעמיד למשפט את ראשי הדרג המדיני, הביטחוני והצבאי של ישראל בבתי הדין הבינלאומיים על "פשעי המלחמה" שביצעו בעם הפלסטיני והודה לכל ארגוני זכויות האדם שסייעו לגיבושו של דו"ח גולדסטון והתייצבו לימין הפלסטינים.



המזרחן, יהונתן דחוח-הלוי, כותב בבלוג שפרסם במרכז הירושלמי לענייני ציבור ומדינה, כי דו"ח ועדת גולדסטון אכן אינו מפנה אצבע מאשימה לעבר ממשלת חמאס או הנהגתה באחריות לטרור ולשיגור הטילים. הכתובת מופנית לגורמים עלומים הנושאים את השם "קבוצות פלסטיניות חמושות". שמו של חמאס אינו מוזכר בהקשר זה והוועדה יוצרת הלכה למעשה הפרדה בין חמאס לזרוע הצבאית שלה וכאילו היא פועלת שלא על פי הנחיותיה. בסעיף 1747 בפרק הסיכום של דו"ח גולדסטון נכתב: "בהתייחס לשיגור של רקטות ופצצות מרגמה לעבר דרומה של ישראל ע"י קבוצות פלסטיניות חמושות הפועלות ברצועת עזה, הוועדה מוצאת, כי הקבוצות הפלסטיניות החמושות כשלו בהבחנה בין מטרות צבאיות לבין אוכלוסייה אזרחית ויעדים אזרחיים בדרומה של ישראל... פעולות אלה מהוות פשעי מלחמה ועשויות להגיע לכדי פשעים נגד האנושות".



דחוח-הלוי טוען, כי "סוגיית האחריות הנעלמת של חמאס לפשעי הטרור, כמו גם טענות רבות אחרות של בדו"ח, מלמדת כי דו"ח גולדסטון הינו מלאכת מחשבת של הטיה והטעיה" וכי "כל עניינה היה להפליל את ישראל בפשעי מלחמה ולנקות את חמאס מאחריות".