ח"כ ניצן הורוביץ (מרצ החדשה), שהוביל את ההתנגדות לחוק הביומטרי אמר לאחר אישורו בכנסת, "אישור חוק המאגר הביומטרי היא טעות קשה הפוגעת באופן חמור בחופש הפרט בישראל. אני מקווה שלא נשלם עליה מחיר כבר מדי. עם זאת, הוכח כי מאבק ציבורי עיקש של אידיאליסטים יכול להשפיע ולשנות. ההוכחה היא שהחוק בנוסחו הסופי שונה לחלוטין מהנוסח המקורי".
בעת הדיון אודות ההסתייגויות בחוק החזיק ח"כ הורוביץ מעל דוכן הכנסת קטעים ממאגרי מידע של משרד הפנים שדלפו לאינטרנט המכילים נתונים אודות חברי כנסת, אולם סרב להציגם כדי שלא לפגוע בצנעת הפרט. "המאגרים המודלפים הרבים שהגיעו לידי מוכיחים עד כמה קל לפרוץ למאגרים ממשלתיים, אני מקווה שכך לא יהיה גורלו של המאגר הביומטרי".
ח"כ ד"ר דב חנין (חד"ש) התייחס אף הוא לאישור החוק המאפשר הקמתו של המאגר הביומטרי. "הצעת החוק כפי שהתקבלה אינה מהווה הבשורה לה ייחלנו", אמר.
"למרות הצהרותיה של הממשלה כי לא תכפה על אזרחי ישראל להצטרף למאגר, למעשה מי שלא יעשה כן עלול להיענש – הוא לא יוכל לצאת את גבולות המדינה, שכן לא יונפק לו דרכון ברמה הנדרשת במדינות המפותחות, הוא לא יוכל להשתמש בשירותי ממשל זמין ככל אזרח, ולמעשה יאבד זכויות רבות שיישמרו אך ורק למי שיסכים לוותר על פרטיותו ולהצטרף למאגר. לכן, אל לנו, חברי הכנסת והציבור, להתבלבל - המאגר ה"וולונטרי" אינו "וולונטרי" עבור אזרחי מדינת ישראל".