דו"ח של המשרד להגנת הסביבה חושף כי נחלי יהודה ושומרון משמשים צינור ביוב להזרמת שפכים, זאת בשל העדר מתקנים לטיפול בשפכים ברשות הפלשתינית ומאידך היעדר הסכמה לשיתוף פעולה של נציגי הרשות הפלשתינית עם ישראל, בין השאר מדובר על הנחלים, קנה, שילה, שורק, מכמש, קדרון וחברון.
איצ'ה מאיר מנכ"ל איגוד ערים לאיכות הסביבה שומרון, אומר לערוץ 7, כי לצערו רוב הזיהום בנחלים מקורו בשפכים, "המציאות היא שאין טיפול בשפכים בערים ובכפרים הערבים ואותם שפכים שמוזרמים לנחלים , מחלחלים לקרקע ומזהמים את אקוויפר ההר, זה נזק סביבתי וגם נזק לאתרי הטבע".
לדבריו למדינת ישראל אין תכנית לשיפור המצב, "אחת הבעיות הקשות, זה חוסר מדיניות בקשר למטרדים חוצי גבולות, אנחנו הרי לא המקרה היחיד בעולם, ששתי מדינות שונות הן זו לצד זו, בארה"ב ומקסיקו יודעים להגיע להסכמה מי יטפל בתעשייה המזהמת, אבל אצלנו המערכת מאוד מסובכת, מה גם שאצלנו אין גבול ברור כי כל אחד חי בתוך השני, בישראל לכל אזרח יש מוטיווציה למנוע זיהום לדורות הבאים אבל אצל הפלשתינים זה לא קיים".
איצ'ה מאיר, מקווה שהמדינה תתעשת על עצמה, "מוטלת עלינו האחריות גם למען הדורת הבאים להגן על מקורות המים והקרקע שלנו ולפעול לחיבור הערים הפלשתיניות למתקנים ישראלים, לצערי מאז הסכמי אוסלו אנחנו עומדים בכל ההתחייבויות, של מתן מים וטיהור שפכים והם לא עושים דבר, מן הראוי היה שיהיה לינקייג' בין אספקת המים לבין הדרישה שלנו מהם שהם יטהרו את השפכים, אבל מסיבות פוליטיות אנחנו לא דורשים את זה מהם. להערכתי יש גם פגיעה זדונית שלהם בערכי טבע ושמורות טבע, זה סוג של אינתיפאדה אקולוגית, הם גילו כמה שזה כואב לנו והם מנצלים את זה".