משרד החינוך, באמצעות פרקליטות המדינה, הגיש היום לבג"ץ תגובה לעתירתם של פרופ' אמנון רובינשטיין ואוריאל ריכמן כנגד החוק הפוטר ישיבות קטנות מלימודי הליב"ה.
בתשובת המשרד נאמר כי ההסדר המאפשר לימודים בישיבות הקטנות הינו הסדר שימיו כימי המדינה. הסדר זה, שנועד לשמר את חברת הלומדים, והמאפשר קיומם ותקצובם של מוסדות לימוד "ישיבות קטנות" לצד מוסדות לימוד אחרים, הינו הסדר ראוי התואם את אופייה של המדינה כמדינה יהודית ודמוקרטית.
בהתייחס לדרישה המרכזית של העתירה - חיוב לימודי ליבה במוסדות תרבותיים יחודיים, קרי בישיבות הקטנות, טענה המדינה, כי הדרישה/הסוגיה אינה נוגעת בהיבטים המוגנים של הזכות לחינוך.
משרד החינוך מגן בתשובתו על החוק ומסביר שהתפיסה החרדית מחייבת הקדשת כל עיתותיו של אדם ללימודי תורה, במיוחד בשנות הלימוד של צעיר חרדי בישיבה קטנה שהם השנים המעצבות את ערכיו בהתאם לערכים המקובלים בחברה החרדית, הרואה ערך עליון בלימוד התורה. תכלית נוספת של החוק הינה יצירת התאמה בין המצב בפועל - אי לימוד לימודי ליבה בישיבות הקטנות לכל אורך שנות המדינה וקודם לכן - למצב המשפטי, ואיזון הפער ששרר בין השניים.
כמו כן טענת המשרד היא, כי תוכן הלימודים בישיבה הקטנה, הכולל לימודי קודש בלבד, נתפס קריטי בעיני החברה החרדית - כיסוד מכונן של החברה החרדית וכתנאי הכרחי לשמירה על המשכיותה. משכך, פגיעה באפשרות לקיים לימודי במתכונת של "ישיבה קטנה" עלולה דווקא לפגוע בזכויות של הפרטים והקהילה החרדים.
בהתייחסות לתשובת משרד החינוך לבג"ץ הסבירו גורמים מתוך המשרד, כי עמדת המשרד היא, שהתערבות כופה עלולה להסיג אחורנית תהליכים של הידברות בין המשרד לבין הציבור החרדי. הידברות זו נערכת כחלק מהמדיניות של שר החינוך גדעון סער שיחד עם סגנו הרב מנחם אליעזר מוזס, המנסים להגיע להסכמה כוללת על מגוון רחב של נושאים הקשורים לחינוך החרדי תוך כדי הידברות והגעה להבנות שונות.