ואדי קנה, אחד מיובליו העיקריים של הירקון הינו מהגדולים בנחלי השומרון מקורותיו העיליים מנקזים את עמק המכמתת ואת חלקו הדרומי של קער השומרון התיכון בגוש הר גריזים.
נחל קנה מצוין במקרא כגבול בין נחלות אפרים ומנשה במערב השומרון ובמרכזו ולאורכו עברה דרך רוחב חשובה: "וירד הגבול נחל קנה נגבה לנחל ערים האלה לאפרים בתוך ערי מנשה וגבול מנשה מצפון לנחל ויהי תוצאותיו הימה" (יהושוע י"ז,ט). שמו העברי העתיק נשמר בערבית – ואדי קאנה.
הנחל עושה את רוב דרכו ההררית תוך כדי התפתלות והתחתרות בסלעי גיר קשים. בתחתית ערוץ הנחל מפכות נביעות קטנות במשך כל השנה (עין אל-נוויטר, עין על מעקודיה, עין אל ג'וזה, עין אל פור, עין אל-בצה, עין אל חוואר ועין תנור).
המים זורמים לאורך הערוץ ומידי פעם הם נבלעים בשכבות החצץ והסחף. לעיתים הם נקווים בגבים עמוקים ויוצרים בריכות קטנות הנשמרות גם במשך הקיץ.
המדרונות היורדים אל הנחל תלולים למדי, והם יצרו מצוקים גבוהים.
על פני המדרונות פזורות מערות רבות המעידות על פעילות קרסטית חזקה. תופעות הקארסט האופיניות לאזור כוללות מערות נטיפים מהמרהיבות שנתגלו בארץ.
חלקים ניכרים משטחי שמורת נחל קנה מוגנים בשמורת יער מאז ימי המנדט הבריטי (יער מעקודייה), החורש המפותח סבוך וקשה לעיתים למעבר בשל היותו מוגן במשך עשרות שנים.
הצומח באגן ההררי של ואדי קנה עשיר ביותר בהרכבו. בקרבת המעיינות ובערוץ הנחל ניתן למצוא שפע צמחי מים, ובשמורה מצוי חורש ים תיכוני מפותח. חברת הצמחים הטיפוסית היא של אלון מצוי ואלה ארץ ישראלית, אך זו עוברת בהדרגה ליער פארק של חרוב מצוי ואלת המסטיק.
בסבך החורש חיים בעלי חיים רבים מבין בעלי החיים הבולטים כאן, ניתן להבחין בעדרים של הצבי הארץ ישראלי, בחזירי הבר ובשועל המצוי. לאחרונה נצפה דלק (יונק קטן ונדיר) בתחום השמורה. כמו כן מקננים בתחום השמורה דורסים כמו עייט ניצי (נדיר) וחיוויאי.
לאורכו השופע מעיינות של הנחל יש חורבות של כמה יישובים ומצודות קדומים. ממצא מרתק ונדיר במיוחד התגלה באחת מהמערות שבמערב השמורה והוא מטמון הזהב הקדום ביותר בארץ ! במערה נתגלו כלי חרס ממפוארים מהתקופה הכלקוליתית כלי צור רבים, טבעות עשויות זהב וכסף (סה"כ כ1- ק"ג זהב טהור!) וכלי נחושת.
באפיק נחל קנה מעובדים כרמים מטעים פרדסים ושדות פלחה. בעבר הלא רחוק, נחל קנה סבל קשות מבעיות זיהום. ההתיישבות היהודית באזור הזרימה במשך שנים את הביוב לנחל, כיום לאחר פרויקט שיקום וטיהור מי השופכים חזרו מימיו של נחל קנה להיות צלולים ונקיים.
סביב נחל קנה אמורים לגור לאחר גמר הפיתוח המתוכנן כ- 90,000 תושבים ושמורת נחל קנה הינה הריאה הירוקה לאזור צפוף אוכלוסין זה.
יחודה של השמורה הוא במגוון התופעות הגיאולוגיות והגיאומורפולוגיות שחלקן נדירות ביותר ובמגוון הצומח ובעלי החיים שבה.
איך מגיעים: משער היישוב נופים (פארק שער נחל קנה) ירידה לאפיק הנחל, הליכה בתוואי הנחל (לכיוון מערב) עד לפניה ימינה בשביל עפר נוח לישוב קרני שומרון (סמוך לבית העלמין)
ניתן להחנות את הרכב ביישוב קרני שומרון בסמוך לבית העלמין לרדת רגלית למעיינות ולעלות באותה דרך בחזרה (הליכה של כחצי שעה לכל כיוון)
ניתן להמשיך באפיק הנחל ולסיים ביישוב אלמתן הסמוך למעלה שומרון. יש לבקש מפתח מרכזי הביטחון ביישובים.
תוואי המסלול נוח ומתאים למשפחות.