רבים נבוכו בדבר דעתו של הרב קוק לעניין ההיתר. הגראי"ה מבאר שההיתר מבוסס מאוד הלכתית, ואין מקום לפקפק בו כלל.
בסוף המבוא ל'שבת הארץ' כתב: "ולאחר כל אלה אין מקום לערער על דרך הוראה כזו". "על כל פנים ודאי אין לערער כלל על היתר המכירה" (משפט כהן סא); "כבר אמרתי זה כמה, שעל עצם ההיתר אין לדעתי מה לפקפק כלל" (שם סג); "והנה בעצם העצה, לבד מה שהיא מועלת לתקן את האיסור עוד יש בה משום מצוה לשמוע דברי חכמים, שנוהגת בכל דוד ודור" (אגרות ח"א, אגרת קעז).
מחד, הגראי"ה זצ"ל אומר במפורש שההיתר הוא מרווח ו"עוד יש בה משום מצוה לשמוע דברי חכמים". ומאידך ההיתר ניתן, לדבריו, רק כהוראת שעה והוא חוזר ומדגיש זאת.
ב'שבת הארץ' (הוצאת מכון 'התורה והארץ' תשס"ז, מהדורה בתרא פרק ט' הלכה ט"ז, עמ' 66‑68) מביא הרב דעה שפרוזבול מועיל מהתורה מדין מוסר שטרותיו לבית דין. אלא שתקנת הלל הייתה שהוא לימד את הציבור לפעול באמצעות פרוזבול, ועל ידי כך להפקיע את מצוות השמטת כספים. זאת למרות שאין ראוי ללמד את העם להפקיע מצווה, "ודמי למי שאינו לובש טלית החייבת בציצית, ומתוך כך הוא פטור את עצמו מן המצוה, שעל זה מענישים בעידן ריתחא".
"ואפילו אם שביעית היא דרבנן, אם אפשר לעשות את ההפקעה ההיא רק להוראת שעה, שבזה יתוקן הענין של המכשול – אין לעשות זה בקביעות". אלא שבמכשול שנמנעו העם מלהלוות לא תעזור הוראת שעה, כי המלווים יחששו להלוות שמא בשביעית הבאה לא יתקנו שוב הוראת שעה. "ולפי זה, ענין הפקעת שמיטת קרקעות הנהוגה על ידי מכירה לנכרי, כיון שאפשר לתקן זה כל זמן שהמצב דורש, לפי הענין של הסרת המכשול שלא יבואו לעבור על איסור שביעית באיסור ממש, ושלא תצא מזה קלקלה להעניים וליישוב הארץ בזמננו, וכל זה מתוקן הוא על ידי הוראה מיוחדת לכל שמיטה לפי הצורך שלה – אין ללמד לרבים הפקעה כזאת בתורת תקנה קבוע, כי אם להורות על פי הוראת שעה בכל שמיטה".
מדברים אלו, כמו גם ממקומות אחרים בכתביו של מרן הרב, ניכר היטב כאבו הרב על כך שעליו להורות וללמד להפקיע את מצוות שביעית על ידי מכירת הקרקעות. למרות זאת, הרב לא ניסה כלל להנהיג דרכים אחרות לפתרון בעיית החקלאות בארץ, כגון אוצר בית דין. זאת למרות שמרן הרב היה זה שהמציא את הרעיון של אוצר בית דין עוד ערב שנת השמיטה של שנת תר"ע (ראו בספרי 'מה נאכל בשנה השביעית' מהדורה שנייה, סיון תשע"ד, עמ' 118‑124).
יתרה מזו, בשנת השמיטה תר"ע הרב הנהיג אוצר בית דין לשיווק פירות אילן וענבים של המושבות (אשר גדלו בקרקעות שנמכרו על פי היתר המכירה) בירושלים. אך בשמיטות הבאות, כאשר שככה המחלוקת בעניין היתר המכירה, זנח את רעיון אוצר בית דין, אפילו כהידור על גבי היתר המכירה! מו"ר הגרצי"ה קוק זצ"ל אף השמיט את הנוסחאות של אוצר בית דין של הרב משו"ת 'משפט כהן'.
אין פתרון אחר
בעל כורחנו התשובה לבעיה היא שמרן הרב לא ראה בשום סוג של אוצר בית דין פתרון הלכתי כלל. לדעתו אין בכך לפתור שום בעיה. הדברים מפורשים במכתב שכתב להוריו: "ודבר זה (אוצר בית דין - יב"מ) אף על פי שמצד עצמו אין בו כדי סמיכה, מכל מקום כשהוא נסמך אל המכירה לרווחא דמילתא, הוא דבר הגון וזכר לשביעית שלא תשכח מישראל..." (אגרות הראיה א', אגרת שיד). כנראה שדבריו "שהוא דבר הגון וזכר לשביעית שלא תשכח מישראל" נכתבו רק כדי להרגיע את אביו, וכדבריו "ולמען ה' שלא יצטער כבוד אאמו"ר שליט"א מכל זה מאומה...". שהרי לדעתו, אם קיים פתרון אחר, אסור מבחינה הלכתית ללמד את העם פתרון שמפקיע את מצוות שביעית (ראו ספרי הנ"ל עמ' 81‑87; 156‑168; 172‑178; עמ' 84 ושם בהערה 110; עמ' 113 בהערה 184).
היטיב לבטא דברים אלו הרב יהודה הלוי עמיחי שליט"א, מראשי מכון 'התורה והארץ' וחבר בית הדין של אוצר הארץ, במאמרו ב'התורה והארץ' (כרך ו, תשס"א, עמ' 474‑489, עמ' 455): "מרן הרב קוק זצ"ל, לאחר היתר מכירה היה נוהג להחמיר ולנהוג קדושת שביעית בפירות, לרווחא דמילתא (מבחינה דינית כל המכור לנכרי הרי הוא כשל הנכרי עצמו ואין צורך לנהוג בו קדושת שביעית), וכדי להתיר את פעולת השווק והמסחר ודמי שביעית היה עושה אוצר בית דין".
הדברים אף מפורשים ב'קטיף שביעית' (הוצאת מכון התורה והארץ, תשס"ז, 'פסיקה הלכתית - הרה"ג יעקב אריאל שליט"א, הרב יהודה הלוי עמיחי', פרק כב - אוצר ב"ד, עמ' 125, הערה 5): "בדורות האחרונים התחדש סידור זה (אוצר בית דין - יב"מ) על ידי הרב קוק זצ"ל (עי' אגרות ראי"ה ח"א סי' שי, שיג, שיח; משפט כהן סי' עו; משנת יוסף ח"ג עמ' נא). אך הוא עצמו נטה לסמוך על כך רק לאחר המכירה (עי' אגרות ראי"ה א אגרת שיד). וכן הנהיג החזון איש (עי' חזו"א סי' יא ס"ק ז ד"ה במש"כ...)".