אחת התמורות הבולטות שחלו ביהדות ספרד בדור שלאחר הגירוש, היה התרחקות מן התפיסה הפילוסופית רציונאלית לתפיסה הקבלית. לשינוי זה הייתה ההשפעה עצומה על שינויי המנהגים, התפילות וסדרי הלימוד.
בדור שלאחר הגירוש נוספו תפילות רבות בסידור התפילה, נוסדו מנהגים חדשים – בחלקם בהשפעת הפסיקה האשכנזית, חלה ירידה משמעותית בהיקף לימוד ספרי מורה נבוכים וספר המדע לרמב"ם, ועזיבת פסקי רמב"ם לטובת פסיקותיו של ה'שולחן ערוך'.
המרכז היהודי בצפת, בו חיו האר"י ז"ל וגדולי המקובלים, השפיע רבות לא רק על יהדות ספרד אלא על כל תפוצות ישראל. לסידור התפילה נוספו תפילות רבות, כגון: וידוי, 'והוא רחום' בשני וחמישי; 'למנצח' וקרבנות לפני מנחה; אמירת מספר מזמורים ופיוט 'לכה דודי' בערב שבת; שינוי ברכת 'יוצר' של שחרית של שבת מ'יוצר' של חול; ועוד רבים. גם מנהגים חדשים נוצרו, כגון: מנהגי אבלות בימי ספירת העומר, אמירת קדיש יתום, נתקנו מנהגי אבלות ועוד.
אולם בעוד שינויים אלו התקבלו בחלקן או במלואן, בשקט יחסי בכל תפוצות ישראל, כשהגיעו תקנות ותוספות אלו לקהילת תימן, התפתחה מחלוקת גדולה בין החכמים כיצד והאם לקבלם. רבים מגדולי התורה באותה תקופה שמחו לקבל את התקנות והמנהגים החדשים, ומיהרו לאמץ את פסקי ה'שולחן ערוך' ולהוסיף בסידוריהם נוסחאות שונות שמצאו בסידורי ספרד המודפסים שהחלו להגיע אליהם. ההולכים בדרך זו מכונים 'שאמי'.
אולם חכמים אחרים התנגדו בתקיפות לשינוי מנהגי אבות, וטענו שיש להמשיך ולדבוק בפסקי הרמב"ם ובנוסח התפילה שלו המקובלים אצלם מדורי דורות. אחד מגדולי המתנגדים לכך היה הרב יחיא צאלח, שטען במספר מקומות בספריו, ששינוי נוסח התפילה והמנהגים נעשה בכח ע"י אחד מגדולי החכמים שהיה בתימן, נשיא הקהילה – רבי שלום בן אהרן הכהן אלעראקי זצ"ל. ההולכים בדרך זו מכונים 'בלדי'.
אחד מבתי הכנסת הגדולים והחשובים ביותר בצנעא הבירה בו התפללו מאות(!) בנוסח 'שאמי', היה בית כנסת 'אלאוסטא', ובו גדל והתחנך הרב יוסף צוברי זצ"ל. מאחר והרב צוברי העריך מאוד את רבותיו שהיו מגדולי התורה בתימן, השתדל לחזק בחיבוריו הרבים את המסורת שקיבל מהם, ושלל מכל וכל את ההנחה שנוסח ה'שאמי' נכפה על קהילת תימן. לדעתו, כמו כל עם ישראל, גם קהילות תימן קיבלו על עצמם את פסקי השולחן ערוך ואת נוסחאות התפילה הבאים מספרד - בהיותם מודעים ליתרון נוסח תפילה זה.
עמידה על נקודות המחלוקת בין שתי קבוצות אלו, מצריכה הבנה של התהליכים שהתרחשו בספרד באותם תקופות ובעולם היהודי בכלל. מחלוקת זו היא דוגמה יפה לחשיבות שבלימוד פועלם של חכמי המזרח, שאינו מעשיר רק את עולמם של יוצאי המזרח בלבד, אלא פותח פתח עצום לכל יהודי להכרה עמוקה יותר של היהדות על רבדיה וגווניה השונים, מלמד על התפתחות ההלכה בישראל, וחשובה עבור כל יהודי שרוצה להכיר טוב יותר את יהדותו.
ביום רביעי י"ד באייר (10-5) יתקיים במכללת אורות ישראל, בקמפוס רחובות, כנס מדעי בינלאומי שיעסוק בחכמי המזרח בדורות האחרונים. בכנס יתקיימו מספר מושבים שיעסקו במגוון רחב של נושאים, כגון: שיטות פסיקה, היחס למשפט בעידן המודרני, יחסם לארץ ישראל ולציונות, בהנהגת קהילותיהם, ובהעלאה על נס של אישים ושיטות אחדים. הכנס שיפתח בברכת שר החינוך נפתלי בנט, ישתתפו חוקרים בולטים במחקר חכמי המזרח. הציבור הרחב מוזמן.