בתלמוד הבבלי מרכז הכובד של הסיפור הוא לימוד התורה של רשב"י במערה, ואילו מרכז הכובד של התלמוד הירושלמי הוא התיקון שרשב"י עשה בטבריה.
במילים אחרות. לפי הצגת הדברים של הירושלמי השהייה במערה היא לצורך התיקון בטבריה.
כדי להמחיש את העניין עם ישראל מטרתו היא להיכנס לארץ ישראל ולא לשהות במדבר, שכן מדינה של קודש היא המטרה, אולם כדי לעשות זאת צורה הטובה ביותר עם ישראל צריך לשהות 40 שנה במדבר ולעסוק בתורה – בצדדים הרוחניים, כדי להכניס את הצדדים הרוחניים לתוך המדינה, ולהעניק לה עומק, משמעות וכיוון.
בפרשת השבוע של שבת האחרונה – פרשת אמור אנו מוצאים שהשבת נקראת שבת לה'. אומר על כך התלמוד הירושלמי שלא ניתנו שבתות אלא לעסוק בהם בתורה – שבת לה'. תכלית המועדים היא התעמקות בצדדים הרוחניים, כדי שניכנס לימי המעשה עם כוחות רעננים ומוטיבציה משמעותית, וכמו כן יותר ערכיים ויותר מוסריים. ללא התעסקות רוחנית אנשי המעשה יגיעו מהר מאוד למצב של שחיקה.
לא בכדי מופיע הסיפור של רשב"י במערה במסכת שביעית (ירושלמי שביעית ט, א), שכן גם ביחס לשנה השביעית מובא הביטוי (בפרשת בהר) – שבת לה' כדי ללמד אותנו, כמו שמשמע גם מפרשנים רבים, שאחד מטעמי מצוות השמיטה היא הפסקה של שנה אחת מהעבודה המעשית כדי לשקוע בתורה ולהטעין את המצברים, וזאת כדי לחזור לאחר מכן אל העבודה המעשית עם כוחות מחודשים ורעננים.
טעם זה של מצוות שמיטה הוא המחשה טובה מאין כמותה לסיפור רשב"י המערה כפי שמציג זאת התלמוד הירושלמי.
ועוד הבדל מעניין בין התלמודים ביחס לתיקון שעשה רשב"י בטבריה. בטבריה היה מקום שבו היה ידוע שישנם קברים, אולם קברים אלו היו בלתי מסומנים, כך שדבר זה אילץ את כוהני טבריה לעשות עיקוף גדול כדי לא להיכשל בטומאת מת. רשב"י פתר לכהני טבריה את הבעיה.
התלמוד הבבלי טוען שרשב"י לאחר שזיהה את הקברים סימן אותם, כדי שהכוהנים יוכלו לעבור בבטחה בלי לעבור עליהם.
התלמוד הירושלמי מתאר שרשב"י, לא פחות ולא יותר, פינה את המתים. לפי תיאור זה אם ישנה הפרעה לחיים השוטפים, הרי שהמתים נדחים בפני החיים.
ננסה להמחיש את הדבר. ישנו סיפור מרתק בירושלמי (כלאים ט, ג) אודות שני אמוראים – רבי בר קיריא ורבי אלעזר שראו ארונות קבורה באים מבבל לארץ ישראל. אמר רבי בר קיריא לא מספיק שהם גרו בחוצה לארץ, אלא שהם גם רוצים להיקבר בארץ ישראל. עליהם נאמר: 'ותבואו ותטמאו את ארצי' - במותם 'ונחלתי שמתם לתועבה' - בחייהם. רבי אלעזר הגיב על דברים אלו ואמר שכאשר ארונות קבורה אלו מגיעים לארץ ישראל יש לשים עליהם מאדמת ארץ ישראל ודבר זה יכפר עליהם – 'וכיפר אדמתו עמו'.
מה בעצם טוען רבי אלעזר והאם הוא חולק על חברו רבי בר קיריא.
דומה שרבי אלעזר מסכים עם חברו לגבי חומרת המעשים. אולם הוא למעשה בא ואומר שצריך להסתכל מה עומד מאחורי תפישה זאת של אלו שבאים להיקבר בארץ ישראל. אנשים אלו רוצים להיקבר בארץ ישראל, כיוון שהם מזהים קדושה עם מוות.
אולם התפישה שלנו היא שארץ ישראל היא ארץ החיים, דבר שבא לידי ביטוי באדמת ארץ ישראל שעתידה לתת את פירותיה בעין יפה לעם ישראל כאשר הוא יעלה בהמוניו לארץ ישראל. אתה רבי בר קיריא אל לך להתייאש. התפיסה שלנו שהחיים אי"ה עתידים לנצח את המתים, היא זו שתנצח לבסוף.