יהונתן פולארד מתנגד בתקיפות לכניסה של ישראל לתוכנית הפטור מויזה של הממשל האמריקני.
בטור מיוחד לערוץ 7 שטח פולארד את חששותיו מעסקת הפטור מויזה לישראלים וטען כי היא תהווה "סיכון בטחוני פוטנציאלי" כאשר ישראל תידרש, לטענתו, להכניס לשטחה פלסטינים בעלי אזרחות אמריקאית שכניסתם נאסרה בעבר.
"סביר להניח שהלחץ האמריקני יגרום לסוכני ביקורת הגבולות שלנו להסס מאוד למנוע ממספר לא מבוטל של פלסטינים אמריקאים, שבדרך כלל היו מסורבי כניסה, להיכנס לישראל מחשש להכעיס את ארה"ב. ואכן, על פי דיווחים שפורסמו, יורשה לנו לעצור רק שלושה אחוזים מהפלסטינים האמריקאים מסיבות ביטחוניות לפני שניאלץ להכניס את המבקרים הנותרים ללא קשר לדאגותינו לגביהם", כותב פולארד.
הוא גם טוען כי ארה"ב דרשה להציב משקיפים בנמלי הכניסה לישראל על מנת להשגיח כי פלסטינים בעלי אזרחות אמריקאית אינם מופלים לרעה.
פולארד חושש שבין הפלסטינים בעלי אזרחות אמריקאית שיכנסו לישראל בקרוב יהיו כאלו שיגיעו לתחומי יהודה ושומרון ויפריעו לפעילות חיילי צה"ל במקומות האלו. "כל פלסטיני אמריקאי שמרגיש שהופלה לרעה על ידי החיילים שלנו יכול כעת להסלים את תלונותיו לרמה של תקרית דיפלומטית", כותב פולארד.
חשש נוסף אותו הוא מבטא נוגע למצב בו ישראל תמנע כניסה של פלסטינים בעלי אזרחות אירופית, קנדית או אוסטרלית, ובתגובה אותן מדינות יקשו על תיירים ישראלים להיכנס לשטחן. "הטרגדיה הצפויה הזו נבעה מעובדה מצערת אחת: שהמנהיגים שלנו שכחו שנאמנותם צריכה להיות לארץ ולעם ישראל, ולא לחבורה של ממשלות שמאל זרות שרוצות להשתמש בתוכניות הפטור מויזה בתור סוסים טרויאניים על מנת להחדיר את האזרחים הפלסטינים מלאי השנאה שלהם לישראל".
לסיום מציע פולארד פתרון אחר, במסגרתו תוותר ישראל על הפטור מויזה לארה"ב ותדרוש מהמדינות האחרות לאפשר כניסה לשטחן של כל פלסטיני המתגורר בעזה או ביהודה ושומרון. "למרבה המזל, עדיין יש לנו את הזמן לעצור את הסיוט הזה על ידי פרישה מתוכנית הפטור מויזה האמריקאית ודרישה מהאמריקאים, האירופים, הקנדים והאוסטרלים לאפשר כניסה חופשית למדינותיהם של כל ערבי פלסטיני המתגורר בעזה או ביהודה ושומרון", סיכם.