מבקר המדינה מתניהו אנגלמן השיב לעתירה לבג"ץ נגד הבדיקה בה פתח לאירועי השבעה באוקטובר וטען כי אין למנוע את עריכת הביקורת.
בתגובה מצוין כי "מבקר המדינה מצר על הביטוי והיחס לביקורת כפוגעת במאמץ המלחמתי והוא בדעה שהלוואי היה וכל הנוגעים בדבר היו קשובים לביקורת מגורמים שונים עובר ל- 6.10".
המבקר מדגיש כי הדרישה לדחיית הביקורת מצד הרמטכ"ל אינה לגיטימית. "הגישה הדיכוטומית אותה מציע צה"ל היא בלתי סבירה באורח קיצוני, ותוצאתה עלולה להיות אי-קיום ביקורת מכל סוג ומין בצה"ל, משך תקופה ארוכה מאד, תקופה שצה"ל אינו קוצב אותה בלוח זמנים כלשהו, ותוך פגיעה ישירה גם בביקורת המדינה על הגופים האזרחיים".
לדבריו, "השלב הראשון של אותה מתכונת, הקבוע לחודש מאי 2024, אינו נוגע לנושאי ליבה מבצעיים של צה"ל הנוגעים לכשל הישיר ב- 7.10 , אלא מדובר בביקורת של פן המדיני והאזרחי, שהנגיעה של צה"ל אליו היא כמבוקר משני. כך, לדוגמה ביקורת בנושא טיפול המוסדות להשכלה גבוהה בסטודנטים שגוייסו למילואים והביקורת בעניין איסוף, פינוי וטיפול בחללים אזרחיים".
"באופן מעשי, המשמעות של צו הביניים המבוקש היא היתר לגופים המבוקרים להימנע, בין היתר, מקיום הוראת סעיף 3 לחוק יסוד: מבקר המדינה, הוראה המחייבת גופים מבוקרים למסור למבקר המדינה מסמכים ומידע 'ללא דיחוי'", הוסיף המבקר.
הוא ציין כי "החשש מפני השלכות התנהלות צה"ל אינו תאורטי. שלשום, 7.5.2024, הודיע מזכיר הממשלה למבקר המדינה, על דחיית דרישת מבקר המדינה לעניין מסגרת הזמן שלגביה יועברו מסמכים, לצורך קיום הביקורת וזאת "עד להכרעת בית המשפט העליון בסוגיה. קיום ביקורת באיחור ניכר, משמעו פגיעה מובהקת בנגישות לראיות שעלולה חלילה לפגוע בביקורת ובאפקטיביות שלה נוכח חלוף הזמן, קושי באיתור מסמכים, חילופי גברא והחלשות הזכרון".
בתגובה לבג"ץ נאמר עוד כי "נכונותו של צה"ל לקיים שיח שכזה עם משרד מבקר המדינה, משך ארבעה חודשים, משמעו בהכרח, שגם צה"ל היה נכון לעריכת ביקורת גם בעת הזו, שאם לא כן, לא הייתה סיבה שצה"ל יקיים שיח נרחב על ההדרגתיות של מתכונת הביקורת. ביקורת מדורגת ומידתית כמתוכנן, לא זו בלבד שלא תפגע במאמצי הלחימה, כל שכן בביטחון המדינה, אלא תוכל לסייע במניעת תוצאות עתידיות קשות, חלילה, ומניעת מחדלים שעלו למדינת ישראל במחיר כבד. ביקורת שכזו תאפשר תיקון מהיר, ככל הניתן, של הליקויים שיעלו בביקורת, ושיפור מהיר בתפקוד הגופים המבוקרים הרלוונטיים, לרבות צה"ל. זוהי גם החובה הערכית כלפי אזרחי מדינת ישראל אלו החיים ואלו שכבר אינם עימנו, הזכאים לתשובות לשאלות הקשות העולות בעקבות ארועי 7.10".
אנגלמן טוען עוד כי "מתן הארכה המבוקשת משמעה סחבת מצד צה"ל ומניעת עריכת ביקורת בגוף מבוקר באופן חסר תקדים. הדברים תמוהים במיוחד, בשים לב לכך שעד כה שירות הביטחון הכללי, חרף השתתפותו בלחימה, השכיל להענות לקיום הביקורת".
את משרד מבקר המדינה ייצגו עורכי הדין אליה צונץ קולר, ניקולס גיפס וישראל קליין ממשרד ש. הורוביץ ושות'.
מוקדם יותר הודיעה יועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה לבג"ץ כי עמדת מערכת הביטחון היא שביקורת של מבקר המדינה על המלחמה בעזה בעת הזו תוביל לפגיעה משמעותית ביכולת התפקודית של גופי הביטחון בלחימה.
בתגובתה צוין כי התקיים שיח בין מבקר המדינה לצה"ל לגבי מועד תחילת הביקורת ואופייה, אך לא הושגה הסכמה בנושא, כשלטענתה המחלוקת נוגעת לעיתוי הביקורת.