12 שנים שיחקה הפועל אילת בליגת העל שבכדורסל, ליגת ווינר סל. 12 שנים בהן הייתה במשך זמן לא מועט אחת מבין הקבוצות בצמרת טבלת ליגת העל בכדורסל.
אחרי שנתמכה כלכלית על ידי איש העסקים דורון הרציקוביץ', חזרה אילת לליגת העל וכבר בעונתה הראשונה, עונת 2012/13, הצליחה להטביע חותם כשסיימה במקום השלישי והגיעה עד לחצי גמר הפלייאוף.
בעונה שלאחר מכן אילת רשמה הצלחה גם במפעל הגביע כאשר הגיעה לראשונה בתולדותיה אל מעמד הגמר בו הפסידה למכבי ת"א. שנתיים לאחר מכן נקמה הקבוצה הדרומית ביותר בכדורסל הישראלי במכבי ת"א כשהדיחה אותה בהפתעה גדולה ובסנסציה אדירה בסדרת חצי גמר הפלייאוף לאחר שכבר פיגרה בשני משחקים מולה ועם 3:2 בסדרה ההיסטורית והעפילה לגמר הליגה שם הפסידה פעמיים להפועל ירושלים.
גם את עונת 2015/16 סיימה אילת עם כמעט כאשר הפסידה גם בגמר גביע ווינר אליו העפילה ובליגה נעצרה רק בחצי הגמר בידיי האלופה הפועל ירושלים.
אילת גילתה לכדורסל הישראלי לא מעט שחקנים מובילים, בעיקר זרים מצויינים ולמרות התמיכה הכלכלית שהלכה והתקצצה, אילת המשיכה להתמודד בצמרת הליגה.
עד הערב כאשר דירקטוריון מנהלת ליגת העל בכדורסל הודיע כי לא תהיה הקפאת יורדות ואילת תרד אל הליגה השניה, הליגה הלאומית, לאחר 12 שנה.
החלטת דירקטוריון מנהלת הליגה שלא להקפיא את היורדות בליגת העל, מגיע יממה אחרי שבית הדין העליון של איגוד הכדורסל דחה את עתירת מנהלת הליגה לקיים משחק מבחן בין הפועל אילת לסגנית אלופת הליגה הלאומית, אליצור נתניה, על הזכות לשחק בליגה הבכירה בעונה הבאה. בכך ניתנה חותמת סופית לירידתה של אילת שתנסה לשוב במהרה אל הליגה הראשונה.