קורס הטיס נמשך שלוש שנים והוא מתקיים בבית הספר לטיסה בבסיס חצרים הסמוך לבאר שבע. הקורס מורכב מחמישה שלבים: ארבעה שלבי הכשרה בני חצי שנה, ושנה אחת של לימודים אקדמיים.
בית הספר לטיסה של חיל האוויר מכשיר צוותי אוויר בשישה מקצועות טיסה עיקריים: מכוננים, נווטים וטייסים ממערך התובלה, טייסי מסוקים (סער וקרב), נווטים וטייסים ממערך הקרב. בסיום קורס הטיס יחוייבו המסיימים על חתימה לשירות קבע של שבע שנים.
שלב ראשון: "המכין" - טירונות, מסעות וטיסות ראשונות
המטרה העיקרית של שלב זה היא להקנות לחניכי וחניכות קורס הטיס יכולות ודפוסי התנהגות של חייל/ת ושל לוחם/ת בצה"ל ובחיל האוויר.
על פרחי הטיס להקפיד על משמעת צבאית, מסדרים ועמידה בזמנים. שלב "המכין" כולל את הטירונות של פרחי הטיס שנמשכת כשמונה שבועות. במסגרת הטירונות יעברו חניכי וחניכות הקורס אימוני חי"ר קשים, יצאו למסעות ולתרגילי אש וילמדו להכיר את יכולותיהם במצבי לחץ.
במהלך שלב זה יזכו חניכי וחניכות הקורס לטוס לראשונה. במשך כחודש יתקיימו טיסות מיון (צ'קים) במטוסי "הסנונית". 15 הטיסות האלו נועדו לבדוק את היכולת של חניכי וחניכות הקורס להטיס מטוסים בעתיד.
בנוסף, במהלך שלב "המכין" יחלו החניכות והחניכים בחטיבת לימודי התעופה, שתימשך לאורך כל שלבי הקורס. הלימודים בשלב זה ימשכו שישה שבועות, ויכללו נושאים כמו מתמטיקה, פיזיקה ואווירודינמיקה.
שלב שני: "בסיסי" - קורס צניחה, קורס מילוט וטיסות מיון
בשלב זה של מסלול ההכשרה, ניתן דגש על הכשרת חניכי וחניכות הקורס כקצינים וקצינות מתוך הבנה שכל איש ואשת צוות אוויר - הם בראש ובראשונה קצינים וקצינות לוחמים ולוחמות.
במהלך השלב הבסיסי יעברו החניכים והחניכות סדרות חי"ר מורכבות וקורסי מילוט וצניחה (בסיומם יקבלו את כנפי הצניחה). שלב זה יתבצע בצוותים מצומצמים, עליהם יפקדו אנשי צוות אוויר מנוסים.
בנוסף, במהלך שלב זה תתקיים סדרת קורסים אקדמיים בת שישה שבועות, שתזכה את החניכות והחניכים בנקודות לקראת התואר. בין השאר, ילמדו החניכים והחניכות אווירודינמיקה, מבנה מטוס ומקצועות יסוד נוספים שיהיו שימושיים בהמשך הדרך בבית-הספר לטיסה.
סיום שלב הבסיסי יצוין בטקס חגיגי על פסגת המצדה, ובמהלכו יוענקו לחניכות ולחניכים סיכות צוות אוויר (מקבילה לסיכת הקצין של מסיימי בה"ד 1).
בתום שלב הבסיסי יתקיים שלב צ'קים נוסף, ולאחריו השיבוץ במגמות הטיסה השונות. הפעם ייערכו הצ'קים על מטוסים מתקדמים ומורכבים יותר: הצ'קים למגמת קרב ייערכו על מטוס ה"צוקית" (מטוס סילון דו-מנועי), הצ'קים למגמת מסוקים ייערכו על מסוק ה"סייפן", הצ'קים למסלול הנווטים ייערכו על מטוס ה"צופית" (מטוס תובלה דו-מנועי). צ'ק המכוננים ייערך על מטוס "ראם" (בואינג 707) או על מטוס הרקולס. חניכות וחניכים שיתקבלו לתפקיד המכוננים ימשיכו את קורס הטיס במסלול הכשרה ייעודי בטייסות ההרקולס וה"ראם" (בואינג 707) של חיל האוויר.
שלב שלישי: "ראשוני" - מיומנויות טיסה
השלב השלישי של הקורס יתמקד בהקניית המיומנויות הבסיסיות של הפעלת המטוס. שלב זה יכלול בעיקר טיסות. בשלב הראשוני הלימודים האקדמיים לא יערכו באופן מרוכז, אלא יפוזרו על פני כל התקופה.
במסגרת חטיבת לימודי התעופה ימשכו לימודי מכניקת הטיסה, יישומי המחשב, מבוא לסטטיסטיקה וניהול ואלגברה בהתאם למגמת הטיסה אליה שובצת.
שלב רביעי: "שנת השכלה" - השנה האקדמית בה לומדים לתואר הראשון
בתום השלב הראשוני יחלו חניכי וחניכות הקורס את הלימודים האקדמיים באופן רשמי. הלימודים יתקיימו בבית הספר לטיסה, אליו יגיעו המרצים מהאוניברסיטה בה הם מלמדים בדרך כלל. לימודים אלו יזכו אותך בתואר אקדמי ראשון מאחת האוניברסיטאות המובילות בארץ, המוכר על ידי המועצה להשכלה גבוהה.
הלימודים מתפרשים על פני כל שלבי הקורס, ואילו שלב זה מוקדש כולו ללימודים אינטנסיביים. השנה האקדמית בקורס מחולקת לשלושה סמסטרים בני 13 שבועות, ועם סיום כל סמסטר נערכים מבחנים הנוגעים לחומר הנלמד.
שנת ההשכלה כוללת שני פרקים של חצי שנה - שלב מבואות ושלב מסלולים.
תכנית הלימודים כוללת את המסלולים הבאים: מתמטיקה ומדעי המחשב, טכנולוגיות מידע וניהול, כלכלה וניהול, פוליטיקה, ממשל וניהול. המסלול אליו ישובצו החניכות והחניכים ייקבע בהתאם לשקלול ההישגים הלימודים, העדפותיהם/ן וגורמים נוספים.
במקביל ללימודי המסלול יתקיימו קורסי לימוד נוספים, המכונים "חטיבת לימודי תעופה". הקורסים הנוספים יכללו הרצאות בנושאי פיזיקה, אווירודינמיקה, מטאורולוגיה, מערכות נשק וניווט וההיסטוריה של צה"ל ושל חיל האוויר.
שלב חמישי: "מתקדם" - טיסה בכלי טיס מבצעיים
בשלב האחרון של הקורס יטוסו חניכי וחניכות הקורס בכלי הטיס המבצעיים של חיל האוויר וירכשו מיומנויות טיסה מתקדמות. במקביל, יסיימו את הלימודים לקראת קבלת התואר וילמדו את המקצוע האחרון במסגרת חטיבת לימודי התעופה - מערכות נשק.
בסופו השלב המתקדם, יתקיימו מסדרי הדרגות והכנפיים בהם יקבלו החניכים והחניכות את דרגות הסגן ואת כנפי הטיסה ויהפכו מפרחי טיס לאנשי צוות אוויר.