ועדת שמגר מנתה חמישה תפקידים שבאחריות היועץ המשפטי לממשלה: ראש התביעה הכללית מטעם המדינה, מי שמייצג את רשויות המדינה בבתי המשפט, כולל בבג"ץ, מייעץ לממשלה בעניינים משפטיים, מייעץ בהכנת תזכירי חוק של הממשלה בכלל ושר המשפטים בפרט וכן ייצוג האינטרס הציבורי ושמירה על קיום החוק.
עם השנים התברר כי קיימים ניגודי עניינים יסודיים בין התפקידים הללו ההופכים את היועץ המשפטי לגורם שמרכז סמכות רבה מדי, המנוגדת למושג "יועץ משפטי" עצמו.
ניגוד העניינים המובנה הראשון הוא בין תפקידו של היועץ לייעץ לממשלה בעניינים משפטיים לבין תפקידו לייצג את רשויות המדינה בבית המשפט. במקרים בהם היועץ המשפטי מתנגד למדיניות הממשלה, הוא יכול לאיים כי לא יגן על עמדת הממשלה מול בג"ץ.
במקרה כזה, על פי פסיקת אהרון ברק, אסור לממשלה למנות עורך דין אחר שיגן עליה, ואף אסור לאף גורם ממשלתי להציג עמדה המנוגדת לעמדת היועץ. בניגוד לכל אזרח פשוט, אין לממשלה ייצוג משפטי.
זאת ועוד, האבסורד בפסיקה זו בא לידי ביטוי כשברק החליט כי "עמדת ראש הממשלה" אינה העמדה בה החזיק ראש הממשלה דאז רבין, אלא העמדה אותה הציג היועץ המשפטי מול בג"ץ, שהיתה מנוגדת לחלוטין לעמדת ראש הממשלה. ניגוד העניינים בין שני תפקידים אלה הופך את היועץ המשפטי מיועץ למצווה, ולמעשה מציב אותו כמוצב הקדמי של בג"ץ בהחלשת הרשות המבצעת.
על המצב האבסורדי והמעוות הזה אמרה הפרופסור רות גביזון, "המציאות המשפטית הנוכחית, והחדשה, שבה היועץ המשפטי מחייב את הממשלה לפעול לפי 'עצתו' עוד לפני פסיקת בית המשפט, תוך שהוא רשאי לאיים כי לא ייצגה בבית המשפט – אינה קבילה. ההסדר הרצוי רחוק מלזלזל בשלטון החוק, שכן ממשלה ושרים יהססו מאוד לפעול בניגוד ל'עצה' של יועצם המשפטי המוערך. במקרים הנדירים שבהם ממשלה תרצה לפעול בניגוד לדעת היועץ – זכותה וחובתה להחליט על פי שיקול דעתה, ובית המשפט יכריע". המצב הנוכחי הוא לדבריה "הזוי, אנומלי, ופוגע פגיעה קשה בזכות אלמנטרית של הממשלה".
ניגוד העניינים המובנה השני הוא בין תפקידו של היועץ לייעץ לבין תפקידו כראש התביעה הכללית. ניגוד העניינים בא לידי ביטוי כאשר שרים עלולים לחשוש לקדם מדיניות שמנוגדת לדעת היועץ, שעלול לפתוח נגדם בחקירה. באופן דומה, שרים עלולים להירתע מלהתייעץ עם היועץ ולמסור בידיו פרטים רגישים שעלולים, תחת פרשנות קלושה, לתת בידיו כח להאשים אותם בשחיתות. אין מדובר בחשש ערטילאי, אלא במציאות שאותה כינה שר המשפטים לשעבר פרידמן כ"טכניקת סיכול ממוקד של מינויים שפותחה בפרקליטות".
כאשר כל התפקידים הללו מונחים על כתפי אדם אחד, קיימת סכנה מוחשית, שבאה לידי ביטוי בפועל, שתפקיד היועץ ישנה את משמעותו ולא יקיים את המחויבות הכרוכה בתפקיד.
לאור כל זאת, בכדי להשיב את האמון במערכת המשפט חייבים לפצל את תפקיד היועץ המשפטי לממשלה - לשלושה תפקידים לפחות: יועץ, מייצג ותובע. סמכויות היועץ המשפטי בתחום המשפט הפלילי צריכות לעבור לתובע כללי שימונה בנפרד. ייצוג המדינה יעבור לגוף שכל ייעודו הוא להגן על עמדת הממשלה. הייעוץ יישאר התפקיד העיקרי של היועץ, כמתבקש משם התפקיד.