לאחר שהקריאות לספינת "זייתונה" נענו בשלילה השתלטו לפני זמן קצר לוחמי ולוחמות זרוע הים על כלי השיט בטרם הגעתו לרצועת עזה.
מצה"ל נמסר כי תהליך ההשתלטות היה קצר וללא נפגעים.
בצה"ל מציינים כי הפעולה בוצעה לאחר מספר רב של פניות למפליגות על כלי השיט בטווחים שונים בים. משהבהירו המפליגות כי אין בכוונתן לשתף פעולה ולהיעתר להזמנה להגיע לנמל אשדוד, הוחלט להשתלט על כלי השיט, למנוע את הפרת הסגר הימי החוקי ולהשיטו לנמל אשדוד.