במערכת הביטחון הושלמה ההיערכות המיוחדת לקראת יום הכיפורים. צה"ל הטיל החל מאמש בחצות סגר כללי על אזור יהודה ושומרון ונסגרו המעברים ברצועת עזה. הסגר יסתיים במוצאי יום הכיפורים בחצות.
במהלך הצום יוקמו מחסומים בדרכים הראשיות בירושלים למניעת תנועת כלי רכב משכונות מזרח ירושלים לכיוון השכונות המערביות. שוטרים ולוחמי מג"ב יוצבו סמוך למחסומים וייפרסו בשכונות התפר ובנקודות החיכוך כדי למנוע יידויי אבנים והפרות סדר.