רבה של ירושלים הרב אריה שטרן הביע צער על מותו של יקיר ירושלים אליעזר שפר.
"שמעתי בצער רב על פטירתו של ר' אליעזר שפר ז"ל מי שהיה עסקן ציבור במובן הטוב והמשובח של המילה. בכל כוחו היה מסור לרעיון של איחוד בתי הכנסת למצוא את המכנה המשותף לכולם מכל המגזרים העדות והנוסחאות והביא בזה לקירוב דעת משמעותי ביותר בין כולם.
היה ציוני בכל מאודו ופעל במסגרת איחוד בתי הכנסת לחזק את התודעה של אחיזתנו בארץ והזדהותנו עם קיום המדינה. כך למשל הקפיד לקיים אירוע בזמן האביב לברך בצוותא את ברכת האילנות ולהתכנס לשם כך במקום מיוחד שמסמל את תקומת המדיה ושחרור ירושלים. כך נהג מדי שנה בשנה בימים של מועדי ישראל וגם בימים רגילים שנעשו על ידו לימים חגיגיים של אחדות ישראל מסביב לבתי הכנסת חשיבותם וקדושתם. יהי זכרו ברוך".