לקראת הבחירות לכנסת ה-21, דגל התורה ואגודת ישראל הגישו בקשה להתפצל לשתי סיעות נפרדות.
במכתב ששיגר יו"ר סיעת יהדות התורה חבר הכנסת אליעזר מוזס ליו"ר ועדת הכנסת מיקי זוהר, נכתב כי "בהתאם להוראות סעיף 59(2) לחוק הכנסת נבקש את אישור ועדת הכנסת לפיצול סיעת יהדות התורה והשבת, אגודת ישראל-דגל התורה לשתי סיעות".
ביהדות התורה מבהירים כי "הבקשה לפיצול הסיעות לוועדת הכנסת הינו הליך פרוצדורלי מוכר ומתואם מראש בין הסיעות, ללא כל משמעות לאופן הריצה בבחירות הקרובות".