משרד החינוך מבקשים להבהיר כי אין כל חשד להטיה של ציוני הערכה החלופית של הבגרויות, והמשרד לא מתכוון לשנות ציונים אלה.
כמו-כן, מבהירים במשרד, כי שיטת החישוב של הבגרויות לא שונתה, וכן לא שונה משקלה של הערכה החלופית. "בהתייחס למכתב אשר יצא מטעם המשרד אל בתי הספר, יודגש כי הוא נועד להפניית תשומת ליבם של מוסדות חינוך בהם נמצא על פי החישוב שיש מקום להידוק תהליכי הערכה החלופית. בעתיד המשרד ימשיך לבדוק את כל הציונים הניתנים במסגרת הבגרות ובכלל זה את הערכה החלופית. אם יימצא צורך המשרד ינחה את בתי הספר לטייב את התהליכים. ככל שיהיה צורך המשרד יעשה רגולציה".
"המשרד גאה בעבודת בתי הספר ובאיכות הגבוהה של תהליכי הערכה החלופית המובלים בהם. לראיה, המכתב יצא לאחוז מזערי מקרב בתי הספר כדי להפנות את תשומת ליבם לעניין בעקבות חשש שהערכה לא היתה מיטבית. וגם במוסדות אלה, מדובר בדרך כלל במקרים בודדים של תלמידים", נמסר.