ראש שירות הביטחון הכללי, נדב ארגמן, הביע צער על מותו של רפי איתן, "פועלו של רפי איתן ז״ל שזור בימיו של שירות הביטחון הכללי ובימיה של מדינת ישראל.
רפי, שהיה ממקימי אגף המבצעים בשב"כ, הוביל והשתתף בעשרות מבצעים פורצי דרך שישארו עלומים עוד שנים רבות. אומץ ליבו, ערכיו וצנעת דרכו, כמגן ולא יראה - היא דרכנו ומורשתנו. אנו כואבים את לכתו וגאים להיות ממשיכי דרכו. יהי זכרו ברוך".