ראש הממשלה בנימין נתניהו הביע צער על מותו של רפי איתן, "רעייתי שרה ואני אבלים יחד עם עם ישראל כולו על פטירתו של יקיר האומה רפי איתן ז"ל.
רפי היה מגיבורי שירותי הביון של מדינת ישראל באינספור פעולות למען ביטחון ישראל. הוא נטל חלק בלכידתו של הצורר הנאצי אדולף אייכמן והבאתו למשפט צדק בישראל בירושלים".