יו"ר הסוכנות יצחק הרצוג פנה לשר החינוך הרב רפי פרץ לאחר שכינה את ההתבוללות בתפוצות כ"שואה".
במכתב רשמי של שר החינוך ליצחק הרצוג כיו"ר הסוכנות היהודית, אשר יועבר להנהגת הקהילות היהודיות בתבל ובמיוחד לפדרציות היהודיות בצפון אמריקה, כתב הרב פרץ כי, "מתוך חרדה עמוקה לגורל העם היהודי השתמשתי במילה שואה, ביטוי שבא לבטא את עומק הכאב וייתכן ולא היה במקומו. כמובן שלא התכוונתי לפגוע במי מיהודי התפוצות".
בהמשך המכתב הוסיף השר והדגיש כי, "אני מכבד ומוקיר את העם היהודי כולו בארץ ובתפוצות".