מנכ"ל רפאל הוא שיאן השכר בחברות הממשלתיות בשנת 2018, עם משכורת חודשית ברוטו של כ-113 אלף שקלים. כך עולה מדו"ח שמפרסמת הבוקר (רביעי) רשות החברות הממשלתיות, בראשות ינקי קווינט.
במקום השני נמצא מנכ"ל חברת החשמל, עם שכר חודשי של 97,365 שקלים, ובמקום השלישי סמנכ"ל הכספים בתעשייה האווירית, עם שכר חודשי של 94,380 שקלים. במקומות הרביעי והחמישי נמצאים היועץ המשפטי ומנהל הכספים ברפאל, עם שכר חודשי של כ-90 אלף שקלים, ובמקום השישי סדרן העבודה הראשי בנמל חיפה עם 86,629 שקלים. עוד עולה כי השכר הממוצע בחברות הממשלתיות בשנת 2018 עמד על 23,105 שקלים, סכום שהוא פי 2.3 מהשכר הממוצע במשק, שהיה 10,139 שקלים.