משרד הבריאות מזהיר מפני זיהום ברוב נחלי הצפון: שניר, ג'ילבון, ירדן, יהודיה, זאכי, מג'רסה, בריכת המשושים, אל על, בניאס, צלמון, וכזיב. המשרד להגנת הסביבה לא מצא מקור זיהום ידוע במרבית הנחלים