הרב הצבאי הראשי הפורש, הרב ישראל וייס, שליווה את צה"ל במהלך עקירת גוש קטיף יצא נגד הפינוי. "לבי שותת, עיניי דומעות. אינני חדל מלשאול האם לא היה קורבנם לשווא". את הדברים אמר במסיבה לקראת פרישתו מהתפקיד במכללה לפיקוד המטה בגלילות והם הובאו לשידור ברדיו "קול חי".

"יש בליבי ספק גדול אם לנוכח המציאות הקשה, הכואבת והמדממת שאנו חווים ביום-יום, היו חוזרים הרבנים על היתרם. כשאני מעלעל באלבום התמונות של בתי הכנסת, בתי המדרש, מוסדות החינוך, האולפנות והישיבות שהיו ואינם, ליבי שותת, עיני דומעות ואינני מוצא מנוח לכף רגלי. אינני חדל מלשאול את עצמי - האם לא היה חורבנם לשווא? האם על החורבן העכשווי יבנה השלום בעתיד? והאם בגינו תשקוט הארץ 40 שנה?", אמר הרב וייס.

עוד הוסיף הרב כי "יהיה אשר יהיה, טובת עתיד קיומנו מחייב את שבועת הנצח שלעולם לא עוד להתנתקות אנושית, לעולם לא עוד להתכנסות אנושית ולעולם כן לחיבורים האנושים האישים הציבוריים והלאומים ומכל סוג וכמה שיותר. שכן עלינו לזכור שמתחת לכל מבצר אנושי יש חיבור שהוא חזק מכל מבצר, ולחיבור הזה קוראים אדם ואנחנו מחויבים לשמר אותו בכל עת, זמן ומקום".

יו"ר המטה העולמי להצלת העם והארץ, הרב שלום דב וולפא שדרש בעבר מהרב הצבאי לבקש סליחה מהמגורשים ומהנפטרים, אמר בתגובה: "מדובר בצעד ראשון בכיוון הנכון. אנו שמחים שהקמפיין של המטה הניב תוצאות וקוראים לרב וייס להביע סליחה ומחילה בכתב בפני כל משפחות המגורשים והנפטרים שקבריהם חוללו בגוש קטיף. רק כך יוכל הרב וייס לבוא בקהל ישראל".

בעת מימוש תוכנית העקירה עמד הרב וייס בראש מבצע לאיסוף תשמישי קדושה מגוש קטיף והעברת הקברים משם. אישים רבים בציונות הדתית ותושבי יש"ע ביקרו את הרב על השתתפותו במלאכת העקירה. הרב הראשי לשעבר, הרב אברהם שפירא, כתב לו כי "אסור בשום אופן להיות שותף או לסייע בגירוש יהודים מביתם, בהריסת בתי כנסת, ובפגיעה בקברים, וגם רב צבאי בכל דרגה שהוא מוזהר בדברים אלו שהם אסורים ע"פ ההלכה".

הרב שפירא כזכור, פירסם קריאה לחיילים דתיים לסרב לפקודה לפנות ישוב יהודי. הרב וייס, התראיין לפני תוכנית ההנתקות לערוץ הראשון ואמר למראיין, הח"כ לשעבר נחום לנגנטל, כי נפגש עם הרב שפירא, אבל "לא שמעתי ממנו פנייה לפשוט את מדי". כשלנגנטל שאל מה היה עושה במקרה כזה, השיב הרבצ"ר: "אם היתה פנייה כזו, כנראה שהיית מראיין כאן מישהו אחר". דברי הרב וייס עוררו תגובות חריפות בשמאל וחלקם קראו לו להתפטר, אך הרב השיב כי מדובר ב"החלקה לשונית" וכי הוא נגד כל סרבנות.

רבנים צבאיים סבלו במשך כל תקופת העקירה מהפגנות סביב בתיהם. הרב הצבאי של פיקוד המרכז הותקף והתקיימו

הפגנות מול ביתו. הרב וייס ספג איומים טלפוניים - והיו אף קריאות בישובים להחרמת רשת חנויות האופנה לנשים דתיות, בבעלות אשתו של הרבצ"ר.