הבוקר הסביר הרב וייס כי היתה זו פליטת פה, וכי אינו מאמין שהרב שפירא אכן יורה לו להתפטר. עוד אמר כי בעמדתו נגד סירוב הפקודה הוא מסתמך על חוות דעת של רבנים חשובים.

בראיון לנחום לנגנטל בערוץ 1 אמר הרב וייס: "אני ישבתי אצל הרב שפירא ואני מעולם לא שמעתי את הרב שפירא באמירה שעליי לפשוט את מדיי". כשנשאל מה היה עושה אילו הורה לו הרב שפירא לעשות זאת, אמר וייס "אז היית מראיין כאן מישהו אחר".

בראיון לשבועון ´בשבע´, אמר הרב וייס, כי כל זמן שהנושא של העקירה, לא יהיה רלוונטי, הוא לא יפרוס את כל הדעות שהוא שמע מהרבנים עימהם התייעץ. הרב וייס הסכים, כי יתכן שהתבטאויותיו היו מוקדמות מדי, ואין צורך לצאת בהצהרות בנושא זה לפני שהדבר מגיע לכלל ביצוע.

רבנים צבאיים המשרתים במילואים, מחו נגד דבריו של הרב הראשי הצבאי, הרב ישראל וייס, שהביע תמיכה במילוי פקודה של עקירת יישובים. לדבריהם, הם כרבנים, מחויבים לדעת תורה של הרבנים וגדולי הדור, ולא יפרו את התורה וההלכה.

הרבנים מחו באופן מיוחד נגד דבריו של הרב ויזנר, שכתב במכתב לרבנים צבאיים כי יש למלא את הפקודה "בנחישות". גם הרב וייס אמר בראיון לעיתון 'בשבע' שיצא השבוע, כי אינו מסכים עם המילה 'נחישות' שכתב הרב ויזנר, ואמר כי המילים בדמע ובצער יותר מתאימים לפקודות כאלו.

חכי"ם בשמאל הגיבו בזעם על דבריו של הרב הראשי הצבאי, הרב ישראל וייס. ח"כ יוסי שריד, אמר כי על הרב וייס לפרוש מצה"ל, ולא, על הרמטכ"ל לפטרו. תנועת "שלום עכשיו" קראה לרמטכ"ל לפטר את הרב וייס בעקבות הצהרתו כי הוא נשמע להוראות רבנים.

לדברי "שלום עכשיו" אם מסלקים צוער מבה"ד 1 שהתבטא נגד העקירה, אז בודאי יש גם לפטר את הרב וייס שאמר כי ישמע לרבו, הרב שפירא, שכזכור אמר כי יש לסרב לפקודה לעקור ישובים.