במערכת הביטחון מעריכים כי למרות המשבר עם האמריקאים, בטווח הקצר לא תהיה השפעה על שיתופי הפעולה ההדוקים בתחומי הביטחון בין שתי המדינות. כך מדווח העיתון "מעריב".
עם זאת, מזהירים כי בטווח הארוך, אם המשבר יחריף - הוא עלול לפגוע גם בתחומים אלה. סוגיה נוספת המטרידה את מערכת הביטחון היא האופן שבו מביטים ארגוני הטרור בכלל וחיזבאללה בפרט, על המשבר הפנימי בישראל. ארגונים אלה כבר מעזים לנסות למתוח את הגבולות וגורמים לעלייה ברף המתיחות.