העיר בית שמש קלטה ילדים מכל המגזרים ובכלל זה גם ילדי חינוך מיוחד שנערכו עבורם ועדות שיבוץ ייחודיות.
לאור העובדה כי פינוי המשפחות לעיר נעשה גם באופן עצמאי והציג תמונה הטרוגנית , למרות מספר התלמידים הגבוה שפונה, הוחלט במנהל חינוך נוער וקהילה בעירייה לשלבן בכיתות קיימות ולא לפתוח מסגרות ייחודיות.