חיסול המחבלים בג'נין התבצע על-ידי כוח מסוערב של הימ"מ, שנכנס לבית החולים בשעה 5:30 ובשעה 5:40 כבר סיים את פעולתו.
בבית החולים סיפרו כי כ-10 חיילים שהתחפשו לרופאים ואחיות ולנשים פלסטיניות, הסתננו למקום, עלו לקומה השלישית וחיסלו את המחבלים באמצעות אקדחים עם משתיק קול.