נשיא המדינה יצחק הרצוג הביע צער כבד על הירצחו של בנימין אחימאיר, "ליבנו דואב בכאב על הירצחו של בנימין אחימאיר ז"ל, רק בן 14, שחייו נגדעו ע"י בני עוולה. בשעה קשה זו אני מבקש לשלוח תנחומים למשפחתו, אוהביו ואהוביו".
"אני מבקש לחזק את כוחות הביטחון הפועלים בנחישות בהגנה על אזרחי ישראל ובמיוחד בימים ולילות מתוחים אלו ובתנאים מורכבים מאד. על אף שהלב דואב ועל אף הכאב והכעס אסור לאף אחד להפר את החוק ולנהוג באלימות. צה"ל, שב"כ ומשטרת ישראל שחוקרים את האירוע יגיעו אל הרוצחים המתועבים בהקדם כפי שהם מוכיחים פעם אחר פעם והם ייענשו במלוא החומרה".