משה בוגי יעלון הגיב למכתב האזהרה שקיבל מוועדת חקירת פרשת הצוללות, ואמר כי "המשמעות של לקיחת אחריות, מתן דוגמא אישית וממלכתיות, היא לכבד את הדמוקרטיה הישראלית ומוסדותיה, ולא להתנגח בהן, גם כשזה פחות נוח.
"כמי שנאבק שנים להקמת ועדת החקירה הממלכתית לחקר פרשת רכש כלי השייט והצוללות, שהיא פרשת השחיתות הביטחונית החמורה ביותר מקום המדינה, אני כמובן מכבד את הוועדה ואמלא אחר דרישותיה והנחיותיה באמון מלא וביושרה, כדרכי", אמר יעלון והוסיף, "מה שמצוטט מהמכתב ששלחה הוועדה לנתניהו מאושש לחלוטין את שטענתי לגביו וסביבתו, שרבים מתוכה כבר הואשמו בדין בפרשה. אני שלם עם כל מהלכיי, מאמין שלא נפל בהם כל רבב, ואציג בפני הועדה את תשובותיי בבוא העת".